分公司注销三年后的法律责任，主要由总公司来承担。以下是对此问题的详细分析：
结论前置
分公司作为总公司的分支机构，不具有法人资格，其民事责任由总公司承担。即使分公司已经注销三年，其注销前产生的债务、合同履行、侵权责任等，仍应由总公司负责处理。
法律责任承担主体
总公司承担：
- 根据《公司法》第十四条，分公司不具有法人资格，其民事责任由公司承担。这意味着，分公司注销后，其所有的法律责任，包括但不限于债务、合同义务、侵权责任等，都由总公司来承担。
- 示例：若分公司在经营过程中产生了债务，且该债务在分公司注销时仍未清偿，那么债权人可以向总公司追讨该债务。
特定情况下责任人员的承担：
- 如果分公司在注销前存在故意逃避债务、欺诈等违法行为，或者清算组成员在清算过程中存在过错导致债权人利益受损，那么分公司的负责人、直接责任人员或清算组成员可能需要承担相应的法律责任，包括刑事责任或赔偿责任。
总公司承担的具体责任范围
- 债务清偿：总公司需负责清偿分公司注销前未了结的债务，确保债权人的合法权益得到保护。
- 税务处理：总公司应监督分公司完成税务清算，结清应纳税款、滞纳金和罚款等，避免税务风险。
- 员工关系处理：分公司注销时，总公司需确保员工的合法权益得到保障，包括支付未结清的工资、经济补偿金等。
- 文件资料保管：总公司应妥善保管分公司的相关文件和资料，以备未来可能出现的法律纠纷或审计需要。
注意事项
- 总公司在处理分公司注销事宜时，应确保程序合规，及时清偿债务，妥善处理员工关系和税务问题，并保管好相关文件资料，以避免可能的法律风险。
- 如果分公司在注销后仍有未了结的业务或合同，总公司应及时与相关方进行沟通协商，确保业务的顺利过渡和合同的履行。
综上所述，分公司注销三年后的法律责任主要由总公司承担。总公司在处理分公司注销事宜时，应谨慎行事，确保所有法律程序得到妥善执行，以避免可能的法律风险。如果您在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。