总公司的工资流水可以在一定程度上作为证明分公司劳动关系的证据，但通常不能仅凭它来单独认定劳动关系。以下从不同角度为您详细分析：

一、工资流水作为证据的有效性

工资流水能够直接反映用人单位（在此情况下为总公司）向劳动者支付报酬的情况，这在一定程度上证明了劳动者与用人单位之间存在经济往来，是劳动关系存在的一个有力证据。然而，它并不能全面、直接地证明劳动者与分公司之间存在劳动关系，因为工资支付的主体是总公司，而非分公司。

二、认定劳动关系需综合多方面因素

在认定劳动关系时，除了工资流水外，还需要结合其他证据进行综合判断。这些证据包括但不限于：

1. 劳动合同：劳动合同是明确双方权利义务的直接证据，如果劳动者与分公司签订了劳动合同，那么这将是最直接、最有力的证明劳动关系的证据。
2. 工作证、服务证等：这些证件能够证明劳动者的身份以及在用人单位（分公司）的工作情况。
3. 考勤记录：考勤记录显示了劳动者的出勤情况，是证明劳动者实际在分公司工作的重要证据。
4. 招用记录：如劳动者填写的用人单位招工招聘登记表、报名表等，这些记录能够证明劳动者是如何被分公司招用的。
5. 其他劳动者的证言：同事的证言也可以作为辅助证据，证明劳动者在分公司的工作情况。

三、仅有总公司工资流水可能存在的问题

如果仅有总公司的工资流水，而没有其他证据相互印证，那么在劳动争议中可能会存在证明力不足的问题。用人单位（分公司）可能会抗辩称，该工资流水是基于其他经济往来（如与总公司的业务合作、借款等）而支付的，并非基于劳动关系。因此，劳动者应尽量收集多种关联证据，形成完整的证据链，以更有力地证明与分公司之间存在劳动关系。

四、建议与措施

1. 收集多种证据：除了工资流水外，劳动者应尽量收集上述提到的其他证据，以形成完整的证据链。
2. 咨询专业律师：在劳动争议中，证据的收集和整理是非常重要的。如果您在收集证据或处理劳动争议过程中遇到困难，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业的法律建议。
3. 注意证据的真实性和合法性：在收集证据时，劳动者应注意证据的真实性和合法性。虚假或违法的证据不仅无法证明劳动关系，还可能给劳动者带来不必要的法律风险。

总结来说，总公司的工资流水可以在一定程度上作为证明分公司劳动关系的证据，但为了更有力地证明劳动关系，劳动者应尽量收集多种关联证据。如果您在处理此类问题时遇到任何困难或疑问，都可以直接向我咨询。