被害人处扣押的不合格机器设备，应由扣押机关依法进行处理，可能包括拍卖、变卖、销毁或移交相关部门等。具体分析如下：

一. 扣押机关的处理权限

• 根据《刑事诉讼法》及相关司法解释，扣押机关在扣押财物后，应当妥善保管，并依法进行处理。对于不合格机器设备，扣押机关有权根据其性质、用途和价值，决定具体的处理方式。

二. 可能的处理方式

1. 拍卖、变卖：如果机器设备虽不合格，但仍有一定价值，扣押机关可以依法进行拍卖或变卖，所得款项将按照法律规定进行处理，可能用于赔偿被害人损失或上缴国库。

• 例如，一台不合格的机床，虽然无法正常使用，但其零部件或材料仍有一定价值，扣押机关可以将其拍卖或变卖。

1. 销毁：如果机器设备严重不合格，无法修复或利用，且可能对环境或公共安全造成危害，扣押机关可以依法将其销毁。

• 例如，一台存在严重安全隐患的电器设备，无法修复且可能引发火灾等危险，扣押机关应当将其销毁。

1. 移交相关部门：如果机器设备属于特定行业或领域，扣押机关可以将其移交给相关部门进行处理。例如，环保部门、质量监督部门等。

• 例如，一台不合格的医疗器械，扣押机关可以将其移交给卫生监督部门进行处理。

三. 处理程序的合法性

• 无论采取何种处理方式，扣押机关都必须依法进行，并确保程序的合法性。被害人或其他相关利害关系人有权对处理过程进行监督，并提出异议。

我建议：如果您是被害人或相关利害关系人，对扣押的不合格机器设备的处理有异议或疑问，可以向扣押机关咨询或提出申诉。如有进一步需要，您可以继续咨询我。