结论：交货时收货人未清点数量，事后说货少了要求跑腿赔偿是否合理，需根据具体情况判断，一般情况下，若合同无特别约定且收货人无法证明货物短缺系交货时发生，则要求赔偿可能不合理。以下从不同角度进行分析：
一、合同约定角度
合同有明确约定：
- 若货物买卖合同中明确规定了交货时的清点义务，以及未清点或清点后未提出异议的后果（例如，视为货物数量、质量符合约定），则收货人未清点数量，事后提出货物短缺，要求赔偿可能不被支持。因为合同是双方意思表示一致的产物，双方都应遵守合同约定。
合同无明确约定：
- 若合同未对交货时的清点义务及未清点的后果作出明确规定，则需根据法律规定和交易习惯来判断。
二、法律规定角度
收货人的检验义务：
- 根据《中华人民共和国民法典》及相关法律规定，收货人在接收货物时，有义务对货物的数量、质量等进行检验。若收货人未履行检验义务，事后提出货物短缺，可能需要承担一定的不利后果。
举证责任：
- 在民事诉讼中，谁主张谁举证。若收货人主张货物短缺，需提供证据证明货物在交货时即存在短缺。若收货人无法提供充分证据，仅凭事后陈述，可能难以得到法院的支持。
三、交易习惯角度
行业惯例：
- 在某些行业中，可能存在交货时即时清点的惯例。若收货人未遵循该惯例，事后提出货物短缺，可能被视为违反交易习惯，从而承担不利后果。
双方交易历史：
- 若双方在此前的交易中，均遵循交货时即时清点的习惯，而此次收货人未清点，事后提出货物短缺，可能被视为对交易习惯的违反，从而影响其赔偿请求的合理性。
四、建议与措施
对于卖方：
- 在交货时，建议卖方要求收货人当场清点货物数量，并在交货单上签字确认。这样，若事后收货人提出货物短缺，卖方可以提供交货单作为证据，证明货物在交货时数量是符合约定的。
对于收货人：
- 收货人在接收货物时，应履行检验义务，及时清点货物数量。若发现货物短缺，应立即与卖方沟通，并保留相关证据（如照片、视频等），以便在必要时维护自己的权益。
总结：交货时收货人未清点数量，事后说货少了要求跑腿赔偿是否合理，需根据合同约定、法律规定以及交易习惯来判断。在一般情况下，若合同无特别约定且收货人无法证明货物短缺系交货时发生，则要求赔偿可能不合理。因此，在货物买卖交易中，双方都应履行各自的义务，确保交易的顺利进行。若您在此方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。