合作协议中约定保底收益的效力需分情况讨论，不能一概而论其是否有效。以下是从不同角度进行的分析：
借贷性质的合作协议：
- 若合作协议实质上为借贷关系，即一方提供资金，另一方承诺在一定期限内还本付息，那么约定的保底收益（即利息）在合法范围内是有效的。
- 根据相关规定，借贷双方约定的利率未超过合同成立时一年期贷款市场报价利率四倍的，出借人请求借款人按照约定的利率支付利息的，人民法院应予支持。因此，在这种情况下，保底收益条款是有效的。
投资合作等其他性质的合作协议：
- 对于投资合作等其他性质的合作协议，保底收益条款的效力则更为复杂。
- 企业间合作：根据《民法典》及相关司法解释，企业之间的保底条款通常认定无效，因为它违背了投资应共担风险的原则。这意味着，如果合作协议是企业间签订的，且约定了保底收益，那么该条款很可能被认定为无效。
- 非企业间合作：对于非企业间的类似约定，司法实践中争议较大。法院可能会结合具体情况，如合作协议的具体内容、双方的权利义务、市场风险等，综合判断保底收益条款是否违背公平原则等来确定其效力。因此，在这种情况下，保底收益条款的效力是不确定的，需要具体案件具体分析。
若合作协议被认定无效，其中的保底收益条款通常也自始无效。根据相关法律规定，合同无效后，因该合同取得的财产应当予以返还；不能返还或者没有必要返还的，应当折价补偿。有过错的一方应当赔偿对方因此所受到的损失，双方都有过错的，应当各自承担相应的责任。因此，对于保底收益部分，收取方应返还给支付方。若存在损失，双方需根据各自过错程度分担。
建议：
- 在签订合作协议时，双方应明确协议的性质和目的，避免将借贷关系与投资合作关系混淆。
- 对于保底收益条款，双方应充分协商并明确其效力及可能的风险。如果可能的话，可以寻求专业法律人士的帮助来起草或审查合作协议。
- 在合作过程中，双方应遵守协议约定并密切关注市场动态和风险变化。如果发现保底收益条款可能无效或存在风险，应及时采取措施进行防范和应对。
如有任何关于合作协议或保底收益条款的法律问题，可以直接向我咨询。