核心结论：在业主同意但审计不同意款项支付的情况下，款项能否支付需结合合同约定、款项性质、审计依据及法律程序综合判断，具体分以下情况处理：

1. 若款项支付符合合同约定且审计依据不足

• 法律分析：审计意见仅是第三方专业判断，若合同明确约定款项支付条件（如工程进度款、服务费等），且业主已按合同履行审批程序，审计方无正当理由拒绝确认，业主有权要求支付。
• 操作建议：
  • 书面催告审计方：要求审计方出具书面异议，明确拒绝确认的具体理由及依据；
  • 核对合同条款：确认款项支付是否符合合同约定的条件、程序及金额；
  • 协商或诉讼：若审计方坚持拒绝且无合理依据，业主可与审计方协商解决，或通过诉讼/仲裁确认款项支付合法性。

2. 若款项支付存在争议或合同约定不明确

• 法律分析：若合同对款项支付条件约定模糊，或审计方提出合理质疑（如款项缺乏实际依据、存在超付风险等），需通过补充协议、专家鉴定或法律程序解决争议。
• 操作建议：
  • 补充协议：与审计方、承包方/服务方协商，签订补充协议明确款项支付条件；
  • 专家鉴定：委托第三方专业机构对款项合理性进行鉴定，作为支付依据；
  • 法律程序：若协商无果，可通过诉讼/仲裁请求法院或仲裁机构裁决款项支付问题。

3. 若款项涉及违规或违法支付

• 法律分析：若款项支付违反法律法规（如虚报工程量、套取资金等），即使业主同意，审计方有权拒绝确认，且相关方可能承担法律责任。
• 操作建议：
  • 立即停止支付：避免因违规支付导致行政处罚或刑事责任；
  • 自查整改：对款项支付进行全面自查，纠正违规行为；
  • 配合调查：若涉及监管部门调查，需积极配合并提供真实材料。

关键法律依据

• 《民法典》第509条：当事人应按照约定全面履行义务；
• 《审计法》第33条：审计机关有权对财政收支、财务收支的真实、合法和效益进行审计监督；
• 《建设工程质量管理条例》第40条：工程价款结算需符合合同约定及国家规定。

提示：具体处理需结合合同文本、审计报告及实际交易背景，建议提供详细材料进一步分析。如有疑问，可直接向我咨询。