如果发现伪造的笔迹指印被鉴定为真，你可以采取以下措施来维护自身权益并确保司法公正：
一、收集证据
审查鉴定报告：
- 仔细审查鉴定报告的内容，寻找逻辑漏洞、数据错误或与事实严重不符的内容。
- 特别注意鉴定过程中是否遵循了合法的程序和标准。
获取鉴定过程资料：
- 尝试获取鉴定过程中的录音、录像资料，或查阅与鉴定相关的文件记录，以寻找作假线索。
- 如果可能，咨询参与鉴定的专业人员，了解鉴定过程中的具体情况。
咨询专业专家：
- 咨询其他专业笔迹鉴定专家，获取对原鉴定报告的专业评估意见。
- 专家可以提供对鉴定结果的独立分析，帮助你判断是否存在作假行为。
二、向鉴定机构提出质疑
书面质疑：
- 以书面形式向鉴定机构提出疑问，详细说明怀疑作假的理由和依据。
- 要求鉴定机构提供详细的鉴定过程和依据，并对其回复进行认真评估。
要求复核：
- 如果鉴定机构未能提供满意的解释或证据，可以要求其对鉴定结果进行复核。
- 复核过程中，你可以提供新的证据或专家意见，以支持你的质疑。
三、向司法机关或主管部门投诉
提交投诉材料：
- 向当地的司法行政机关提交投诉材料，详细说明怀疑鉴定机构作假的情况，并提供相关证据。
- 投诉材料应包括鉴定报告、质疑信、专家意见等。
等待调查与处理：
- 司法行政部门有权对鉴定机构的行为进行调查，并给予相应的处罚。
- 你可以关注调查进展，并及时向司法行政部门提供补充证据或信息。
四、申请重新鉴定
在诉讼过程中提出申请：
- 如果案件正在诉讼过程中，你可以向法院提出重新鉴定的申请。
- 说明原鉴定可能存在作假的情况，并提供相关证据或专家意见。
法院决定是否准许：
- 法院会根据具体情况决定是否准许重新鉴定。
- 如果准许，法院会通过公平公正的方式选定新的鉴定机构进行鉴定。
重新鉴定的程序与要求：
- 根据《最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定》，存在鉴定人不具备相应资格、鉴定程序严重违法、鉴定意见明显依据不足等情形时，人民法院应当准许重新鉴定。
- 重新鉴定时，应确保鉴定机构和鉴定人具备相应的资质和条件，并遵循合法的程序和标准。
五、追究法律责任
民事赔偿责任：
- 如果有充分证据证明鉴定机构故意作假，导致你遭受重大损失，你可以依法追究鉴定机构的民事赔偿责任。
- 鉴定机构需赔偿因作假给你造成的经济损失，包括但不限于诉讼费用、鉴定费用、误工费等。
刑事责任：
- 相关责任人还可能涉嫌刑事犯罪，如伪造证据罪等。
- 如果构成犯罪，将被依法追究刑事责任，可能面临有期徒刑、罚金等刑罚。
在采取上述措施时，你需要注意以下几点：
- 保持冷静和理性：面对鉴定机构作假的情况，不要情绪化地处理问题。通过合法途径维护自身权益，并确保司法的公正性和权威性。
- 确保证据充分：怀疑鉴定机构作假时，必须有合法依据和理由。不能仅凭个人猜测或假想就采取行动。确保你提供的证据充分、确凿，能够支持你的质疑和申请。
- 关注案件进展：在采取上述措施后，要关注案件的进展情况。及时与司法机关或鉴定机构沟通，了解调查和处理结果。如果需要补充证据或信息，要及时提供。
如果你在处理此类问题时遇到任何困难或疑问，可以直接向我咨询。我会根据你的具体情况提供专业的法律建议和帮助。