结论：开发商以产权调换协议书和他人有纠纷为由不予办理产权证，这一行为是否合法需视具体情况而定，但一般情况下，开发商不能仅凭此理由拒绝办理产权证。

一、产权调换协议书的法律效力

产权调换协议书是您与开发商之间就房屋产权调换事宜达成的书面协议，具有法律效力。只要该协议书内容合法、双方意思表示真实，且不存在违反法律、行政法规的强制性规定或公序良俗的情形，那么该协议书就是有效的，双方应当按照协议书的约定履行各自的义务。

二、开发商拒绝办理产权证的合法性分析

1. 若纠纷与产权调换协议书无关：

   • 如果开发商所称的与他人的纠纷与您的产权调换协议书无关，那么开发商不能以此为由拒绝为您办理产权证。因为产权证的办理是基于您与开发商之间的产权调换协议书，而非开发商与他人的纠纷。
   • 在这种情况下，开发商拒绝办理产权证可能构成违约，您有权要求开发商继续履行协议，为您办理产权证，并可能要求开发商承担违约责任。

2. 若纠纷直接影响产权调换协议书的履行：

   • 如果开发商与他人的纠纷确实直接影响到了您的产权调换协议书的履行，比如该纠纷导致了产权调换房屋的权属存在争议或无法确定，那么开发商可能会以此为由暂时拒绝办理产权证。
   • 但即便如此，开发商也应当积极解决纠纷，并在纠纷解决后及时为您办理产权证。如果开发商长期不解决纠纷或故意拖延办理产权证，您仍然有权要求开发商承担违约责任。

3. 开发商无合法理由拒绝办理：

   • 如果开发商没有合法理由，仅凭与他人的纠纷就拒绝为您办理产权证，那么这一行为显然是不合法的。
   • 您可以通过法律途径维护自己的权益，比如向法院提起诉讼，要求开发商继续履行协议并办理产权证。

三、法律建议

1. 核查纠纷情况：

   • 首先，您需要核查开发商所称的与他人的纠纷是否真实存在，以及该纠纷是否确实影响到了您的产权调换协议书的履行。

2. 与开发商协商：

   • 在了解纠纷情况后，您可以尝试与开发商进行协商，要求开发商说明拒绝办理产权证的具体理由，并寻求解决方案。

3. 寻求法律帮助：

   • 如果协商无果，您可以咨询我，通过法律途径维护自己的权益。我可以帮助您分析案情、准备证据材料，并代表您与开发商进行交涉或提起诉讼。

最后，产权证的办理是您与开发商之间产权调换协议书的重要履行环节。开发商不能仅凭与他人的纠纷就拒绝为您办理产权证。如果您遇到此类问题，请随时向我咨询，我将为您提供专业的法律帮助。