在未获得全体业主大会明确许可的情况下，物业擅自加装电梯刷卡系统属于违法行为。以下是对此问题的详细分析：
一、法律依据
《中华人民共和国民法典》相关规定：
- 根据《中华人民共和国民法典》第二百七十二条，业主对其建筑物专有部分享有占有、使用、收益和处分的权利。
- 根据《中华人民共和国民法典》第二百七十四条，建筑区划内的其他公共场所、公用设施和物业服务用房，属于业主共有。门禁电梯作为房屋（住宅）的一部分，其所有权归业主所有，而非物业公司。因此，物业公司无权设置使用障碍，限制业主使用电梯自由出入。
《物业管理条例》相关规定：
- 根据《物业管理条例》第四十九条，物业管理区域内按照规划建设的公共建筑和共用设施，不得改变用途。业主依法确需改变公共建筑和共用设施用途的，应当在依法办理有关手续后告知物业服务企业；物业服务企业确需改变公共建筑和共用设施用途的，应当提请业主大会讨论决定同意后，由业主依法办理有关手续。
二、加装电梯刷卡系统的合法性分析
业主大会同意的必要性：
- 电梯作为特种设备，其改造和安装刷卡系统属于对共有部分的改变，必须经过业主大会的同意。这是保障业主共有权和管理权的重要体现。
物业公司的权限：
- 物业公司作为物业服务提供者，其职责是按照物业服务合同提供服务，而无权擅自改变共有部分的用途或设置使用障碍。在未获得业主大会同意的情况下，物业公司加装电梯刷卡系统属于违法行为。
安全监管部门的审批：
- 鉴于电梯属于专业性极强的特殊设备范畴，物业若欲实施电梯改造及相关刷卡机的安装工作，还必须事先向安全监管部门提交申请并获取批准。
三、加装电梯刷卡系统的可能后果
法律责任：
- 物业公司擅自加装电梯刷卡系统，可能面临法律责任，包括但不限于被要求恢复原状、赔偿损失等。
业主权益受损：
- 擅自加装电梯刷卡系统可能限制业主的自由出入权，损害业主的合法权益。业主有权要求物业公司停止侵权行为，并恢复电梯的正常使用。
四、建议与措施
与物业公司协商：
- 如果业主对加装电梯刷卡系统有异议，可以首先与物业公司进行协商，表达自己的诉求和意见。
召开业主大会：
- 如果协商无果，业主可以提议召开业主大会，就加装电梯刷卡系统的问题进行讨论和表决。根据表决结果，决定是否加装电梯刷卡系统。
寻求法律援助：
- 如果物业公司的行为已经构成违法，业主可以寻求法律援助，通过法律途径维护自己的合法权益。
如果您在物业纠纷方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。我会根据您的具体情况，提供专业的法律意见和解决方案。