结论：在《民法典》实施后，商品房买卖合同中约定“面积误差超过3%不退房”的条款，其有效性需结合具体情形判断，但在符合法律规定且不违背公序良俗的情况下，该条款一般有效。以下从不同角度详细分析：
一、法律背景与条款效力
根据《民法典》及相关司法解释，商品房买卖合同中关于面积误差的约定，属于当事人意思自治的范畴。只要该约定不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，且双方当事人在签订合同时具有完全民事行为能力，意思表示真实，那么该约定就是有效的。
具体来说，如果合同中明确约定了“面积误差超过3%时，买方不选择退房，而是接受面积差异并按照实际面积结算房款”，且这一约定在签订时得到了双方的认可，那么该条款就是有效的。它体现了合同自由原则，即当事人有权根据自己的意愿设定合同条款。
二、可能存在的争议点
尽管上述条款在一般情况下是有效的，但也存在一些可能引发争议的情形：
显失公平：如果面积误差过大，导致买方实际支付的房款与房屋实际价值严重不符，且这一结果是由于卖方故意隐瞒或误导造成的，那么买方可能会主张该条款显失公平，从而要求撤销或变更合同。
格式条款问题：如果该条款是卖方预先拟定的格式条款，且未以合理方式提示买方注意或进行说明，那么根据《民法典》关于格式条款的规定，买方可能会主张该条款无效。
法律变更或政策调整：虽然《民法典》实施后，相关法律规定相对稳定，但如果未来有新的法律或政策出台，对商品房买卖合同中的面积误差问题作出新的规定，那么可能会影响该条款的效力。
三、法律建议
明确约定：在签订商品房买卖合同时，双方应明确约定面积误差的处理方式，包括误差范围、处理方式（如退房、补差价等）以及违约责任等。这样可以在发生争议时，有明确的依据可供参考。
注意格式条款：如果合同中包含格式条款，卖方应确保以合理方式提示买方注意并进行说明。买方在签订合同时，也应仔细阅读合同条款，特别是关于面积误差等关键问题的约定。
及时咨询：如果在签订合同或履行过程中遇到任何疑问或争议，建议及时咨询专业律师。律师可以根据具体情况提供法律意见和帮助，确保当事人的合法权益得到保障。
四、可能的法律后果
如果合同中关于面积误差的约定有效，且实际发生的面积误差在约定范围内，那么双方应按照合同约定履行义务。如果买方违反约定拒绝接受房屋或要求退房，可能会构成违约，需要承担相应的违约责任。反之，如果卖方违反约定未按照实际面积结算房款或存在其他违约行为，买方也有权要求卖方承担违约责任。
总结：商品房买卖合同中约定“面积误差超过3%不退房”的条款，在符合法律规定且不违背公序良俗的情况下，一般是有效的。但双方在签订合同时应明确约定相关条款，并注意格式条款的问题。如有任何疑问或争议，建议及时咨询专业律师。