公司已注销，员工在一定条件下仍可申请仲裁。具体分析如下：

一、公司合法清算并支付相关费用的情况

公司作为法人主体，经过合法清算程序注销后，其主体资格消灭，债权债务关系清理完毕。在这种情况下，员工的权益在清算过程中已得到妥善处理，通常不能再以公司为被申请人申请劳动仲裁。因为劳动仲裁需要基于存在劳动关系的双方，而公司注销后，劳动关系相对方已不存在，无法明确被申请人。

二、公司未经合法清算或恶意逃避债务的情况

若公司未经合法清算就注销，或者存在恶意逃避债务行为，如拖欠工资、未支付经济补偿金等，这就损害了员工的合法权益。根据相关法律，清算组成员故意或重大过失造成损失要担责，股东未足额出资等可能对公司债务连带清偿。所以，员工在此种情况下，能以清算组成员或股东等为被申请人申请仲裁来维护自身权益。

具体来说，如果公司注销前未依法清偿劳动债务，且股东存在出资不实、抽逃出资等滥用股东权利情形，员工可将股东列为被申请人；如果公司未经依法清算即办理注销登记，员工可要求有限责任公司的股东、股份有限公司的董事和控股股东，以及公司的实际控制人对公司债务承担清偿责任。此时，员工可通过民事诉讼要求相关主体承担责任，在诉讼过程中，也可以一并主张通过仲裁确认的相关权益。

三、实际操作中的建议

1. 收集证据：员工应尽可能收集与公司存在劳动关系、公司未依法清偿债务等相关证据，如劳动合同、工资条、工作证、公司注销公告等。
2. 确定被申请人：根据公司的注销情况和股东的责任，确定合适的被申请人。如果公司未经合法清算，可以考虑将清算组成员或股东列为被申请人。
3. 咨询专业律师：由于劳动仲裁和民事诉讼涉及复杂的法律程序和证据规则，员工在申请仲裁或提起诉讼前，最好咨询专业律师，以确保自身权益得到有效维护。

举例说明：假设某公司因经营不善决定注销，但在注销前未依法支付员工的工资和经济补偿金。员工在得知公司注销后，可以收集相关证据，如劳动合同、工资条、公司注销公告等，并将股东列为被申请人，向劳动仲裁机构申请仲裁或向人民法院提起诉讼，要求股东承担清偿责任。

总之，公司注销后员工能否申请仲裁取决于公司的注销情况和股东的责任。如果公司未经合法清算或存在恶意逃避债务行为，员工仍可通过法律途径维护自身权益。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。