核心结论：若公司不认工伤，在未完成工伤认定程序前，假期计算需分情况讨论；完成工伤认定后，假期按工伤停工留薪期计算。以下是具体分析：

一、公司不认工伤，但尚未完成工伤认定程序时

1. 若员工自行申请工伤认定：

   • 根据《工伤保险条例》第十七条，用人单位未在30日内提出工伤认定申请的，工伤职工或其近亲属、工会组织可在1年内直接向社保部门提出申请。
   • 假期计算：在社保部门作出工伤认定决定前，员工需正常出勤或按病假处理（需提供医院诊断证明）。若公司以“非工伤”为由拒绝安排休假，可能涉及违法，员工可主张病假工资（通常为工资的70%-100%，具体按地方规定）。

2. 若员工未申请工伤认定：

   • 公司不认工伤且员工未主动申请的，假期可能按公司内部病假制度处理。但需注意：若实际构成工伤，公司单方面否定工伤性质可能违法，员工有权后续追责。

二、完成工伤认定后

1. 停工留薪期确定：

   • 根据《工伤保险条例》第三十三条，职工因工作遭受事故伤害需暂停工作接受治疗的，停工留薪期一般不超过12个月（伤情严重可延长，但需经设区的市级劳动能力鉴定委员会确认）。
   • 假期计算：停工留薪期内，原工资福利待遇不变，由用人单位按月支付。假期长度以医疗机构出具的病假证明和劳动能力鉴定结论为准。

2. 争议处理：

   • 若公司仍不认可停工留薪期，员工可向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求确认停工留薪期并补发工资。

三、关键行动建议

1. 立即收集证据：包括劳动合同、工伤事故现场照片、证人证言、医院诊断证明等，证明工伤事实。
2. 主动申请工伤认定：若公司未在30日内申请，员工需在1年内自行向社保部门提交申请，避免超期失权。
3. 协商或仲裁：若公司拒绝支付停工留薪期工资，可先协商；协商不成，向劳动监察大队投诉或申请劳动仲裁。

提示：工伤认定是核心环节，公司否认不影响法定程序。若需进一步分析证据或起草法律文书，可直接向我提问。