医疗机构在传染病防治中确实需承担尸体处理的法定义务，具体分析如下：

一、法律依据与义务来源

1. 《医疗事故处理条例》第十八条
   明确规定：患者死亡且死因不明或医患双方对死因有争议时，应在48小时内进行尸检（具备冻存条件可延至7日）。若拒绝或拖延尸检导致死因无法判定，责任方需承担不利后果。

   • 医疗机构义务：若患者死于传染病，医疗机构有义务及时启动尸检程序以明确死因，避免因死因不明引发传染病扩散风险。若未履行告知或协助尸检义务，可能被推定存在过错。

2. 《传染病防治法》第四十六条
   规定：患甲类传染病（如鼠疫、霍乱）或炭疽死亡者，其尸体应立即进行卫生处理，就近火化。患其他传染病死亡的，必要时应将尸体进行卫生处理后火化或按照规定深埋。

   • 医疗机构责任：作为传染病防治的第一线，医疗机构需确保传染病患者尸体按法定程序处理，防止病原体传播。若未履行处理义务，可能面临行政处罚或民事赔偿。

二、未履行义务的法律后果

1. 行政责任
   根据《传染病防治法》第六十九条，医疗机构未按规定处理传染病患者尸体的，由县级以上人民政府卫生行政部门责令改正，通报批评，给予警告；造成传染病传播、流行或其他严重后果的，对负有责任的主管人员和其他直接责任人员依法给予降级、撤职、开除的处分，并可处五千元以上二万元以下的罚款。

2. 民事责任
   若因未妥善处理尸体导致传染病扩散，侵害他人健康权，医疗机构可能需承担侵权赔偿责任。例如，患者死于传染病但未火化，导致他人感染，医疗机构需赔偿医疗费、误工费等损失。

3. 刑事责任
   在极端情况下，若医疗机构故意隐瞒传染病死亡事实或违规处理尸体，导致重大传染病疫情传播，可能构成《刑法》第三百三十条规定的“妨害传染病防治罪”，对单位判处罚金，对直接责任人员处三年以下有期徒刑或拘役；后果特别严重的，处三年以上七年以下有期徒刑。

三、实践中的关键问题

1. 死因明确性

   • 若传染病死亡原因明确（如确诊新冠肺炎死亡），医疗机构应直接按《传染病防治法》处理尸体，无需尸检。
     
   • 若死因存疑（如疑似传染病但未确诊），医疗机构需先通过尸检明确死因，再依法处理。

2. 家属配合义务
   家属拒绝尸检或处理尸体的，医疗机构应书面记录并明确告知法律后果。若因家属拒绝导致传染病扩散，家属可能需承担部分责任，但医疗机构仍需证明已履行法定告知义务。

四、操作建议

1. 立即启动尸检程序
   对死因不明或存疑的传染病患者，医疗机构应在48小时内联系具备资质的机构进行尸检，并留存书面告知家属的记录。

2. 严格遵循处理规范
   对确诊传染病死亡者，立即联系殡仪馆或卫生防疫部门，按就近火化或深埋要求处理尸体，禁止转运或随意处置。

3. 完善病历与证据链
   在病历中详细记录死亡原因、处理过程及家属意见，避免因证据缺失被推定过错。

总结：医疗机构在传染病防治中需承担尸体处理的法定义务，包括及时尸检、按法定程序处理尸体等。未履行义务可能导致行政处罚、民事赔偿甚至刑事责任。若遇到具体问题，可直接向我咨询。