公司部门调整，员工不接受的情况下，是否可以获得赔偿，需根据具体情况分析。
一. 劳动合同约定与部门调整
劳动合同内容：首先，要查看劳动合同中是否有关于部门调整、岗位变动或相关赔偿的约定。如果劳动合同中明确规定了部门调整的具体条款以及不接受调整时的赔偿方式，那么员工可以依据这些条款来主张自己的权利。
无明确约定：如果劳动合同中没有明确约定部门调整或相关赔偿的内容，那么就需要根据劳动法的相关规定以及公司的规章制度来进一步分析。
二. 劳动法规定与公司规章制度
劳动法规定：根据《劳动法》的相关规定，用人单位有权根据生产经营需要调整员工的工作岗位，但应当保障员工的合法权益，不得随意降低员工的工资待遇或侵犯其他合法权益。如果部门调整导致员工的工资待遇或其他合法权益受到侵害，员工有权要求赔偿。
公司规章制度：同时，公司的规章制度也是判断员工是否可以获得赔偿的重要依据。如果公司的规章制度中明确规定了部门调整时的赔偿标准或方式，那么员工可以依据这些规定来主张自己的权利。
三. 不接受部门调整的处理方式
协商：如果员工不接受部门调整，可以与用人单位进行协商，尝试达成双方都能接受的解决方案。协商过程中，员工可以提出自己的诉求和理由，用人单位也应当充分考虑员工的意见和利益。
赔偿：如果协商不成，且部门调整确实导致了员工的合法权益受到侵害，那么员工可以依据劳动合同、劳动法规定或公司规章制度来要求用人单位进行赔偿。赔偿的具体金额和方式应当根据具体情况来确定，可能包括经济补偿、工资差额、福利损失等。
综上所述，公司部门调整时，员工不接受是否可以获得赔偿，取决于劳动合同、劳动法规定以及公司规章制度的具体内容。如果员工的合法权益确实受到侵害，那么员工有权要求用人单位进行赔偿。我建议您先查看自己的劳动合同和公司规章制度，了解其中的具体规定，然后再根据实际情况来做出决策。如有进一步需要，您可以继续咨询我。