结论：使用他人身份证入职登记，一旦被查出，通常不会直接留下传统意义上的“案底”（即刑事犯罪记录），但会面临一系列行政处罚和可能的民事责任，同时这种行为对劳动者和用人单位都存在风险。
一、行政处罚层面
对劳动者的处罚：
- 根据《中华人民共和国居民身份证法》的相关规定，冒用他人居民身份证或者使用骗领的居民身份证的，由公安机关处二百元以上一千元以下罚款，或者处十日以下拘留。因此，如果劳动者使用他人（如配偶）的身份证入职，一旦被发现，将可能面临上述行政处罚。
对用人单位的处罚：
- 用人单位在招用员工时，有义务核实员工的身份信息。如果用人单位明知或应知员工使用他人身份证而仍然招用，可能面临劳动行政部门的处罚，如罚款等。同时，这种行为也可能影响用人单位的信誉和形象。
二、民事责任层面
劳动合同效力：
- 使用他人身份证签订的劳动合同，由于主体不适格（即实际劳动者与身份证上的劳动者不一致），该劳动合同可能被认定为无效或部分无效。这将导致劳动者无法依据该劳动合同主张相关权益，如工资、福利、社会保险等。
工伤认定与赔偿：
- 如果劳动者在使用他人身份证入职期间发生工伤，由于劳动合同无效或主体不适格，可能面临工伤认定困难或无法获得工伤保险赔偿的风险。此时，劳动者可能需要通过其他途径（如民事诉讼）来主张自己的权益，但过程将更为复杂和艰难。
三、风险与建议
对劳动者的风险：
- 除了上述行政处罚和民事责任外，使用他人身份证入职还可能导致劳动者在职业生涯中留下不良记录，影响未来的就业和发展。
对用人单位的风险：
- 用人单位可能因招用使用他人身份证的员工而面临法律纠纷和声誉损失。同时，这种行为也可能破坏用人单位的内部管理秩序和企业文化。
建议：
- 劳动者：应遵守法律法规，使用自己的真实身份证入职。如果因特殊原因需要变更身份信息，应及时与用人单位沟通并办理相关手续。
- 用人单位：应加强员工身份信息的核实工作，确保招用的员工身份真实有效。同时，应建立健全的内部管理制度，防范类似风险的发生。
总结：使用他人身份证入职登记是一种违法行为，一旦被查出将面临行政处罚和可能的民事责任。因此，建议劳动者和用人单位都应遵守法律法规，确保身份信息的真实性和有效性。如果您或您所在的单位遇到此类问题，可以直接向我咨询，我会提供专业的法律建议。