结论：工厂以员工上班吃东西为由罚款100元是否合法，需分情况判断，具体如下：

1. 若工厂无明确规章制度，或制度未公示/未告知员工，罚款不合法
   根据《劳动合同法》第四条，用人单位制定规章制度需经民主程序（如职工代表大会讨论），且需向劳动者公示或告知。若工厂未通过合法程序制定“禁止上班吃东西”的制度，或未将制度内容明确告知员工（如未在入职培训中说明、未在公告栏张贴），则以此为由罚款缺乏法律依据，员工可拒绝缴纳。

2. 若工厂有合法制度且已公示，但罚款金额超出法定标准，仍不合法
   根据《工资支付暂行规定》第十六条，用人单位仅能在劳动者造成经济损失时，按劳动合同约定要求赔偿，且每月扣除部分不得超过当月工资的20%。若员工吃东西未造成工厂经济损失（如未导致设备损坏、生产事故等），工厂无权罚款；即使造成损失，罚款金额也需以实际损失为限，100元罚款可能超出合理范围（如员工月工资2000元，20%为400元，但需证明损失达100元）。

3. 若工厂制度合法且罚款合理，但未通过工会或职工代表协商，可能存在程序瑕疵
   部分地区（如广东）规定，用人单位实施经济处罚需经工会或职工代表协商。若工厂未履行该程序，即使制度合法，罚款也可能因程序瑕疵被认定为无效。

建议：

• 员工可要求工厂出示制度依据及公示证明，若无法提供，可向劳动监察部门投诉（电话12333）；
  
• 若工厂能证明制度合法且员工行为造成损失，可协商减少罚款金额；
  
• 工厂若以“违反纪律”为由直接扣款，可能涉嫌违法克扣工资，员工可申请劳动仲裁要求返还。
  

提示：法律问题需结合具体证据（如制度文本、公示照片、工资条等）分析，若有进一步细节，可直接向我咨询。