在申请劳动仲裁期间公司注销了，您不必过于担心，根据不同情况，您仍有途径来维护自己的合法权益。具体来说，可以分以下几种情况处理：
公司未清算即注销
- 如果公司在未依法进行清算的情况下就办理了注销登记，导致您的权益受损，您可以将清算主体（如公司的股东、发起人或出资人）列为被申请人，继续申请劳动仲裁。清算主体需在其过错范围内对您的损失负责。
- 法律依据：根据《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国公司法〉若干问题的规定(二)》的相关条款，有限责任公司的股东、股份有限公司的董事和控股股东，以及公司的实际控制人在公司解散后，若恶意处置公司财产给债权人造成损失，或者未经依法清算，以虚假的清算报告骗取公司登记机关办理法人注销登记，债权人主张其对公司债务承担相应赔偿责任的，人民法院应依法予以支持。
公司经合法清算后注销
- 如果公司已经依法进行了清算，并办理了注销登记，通常情况下，劳动争议案件会终止审理。但是，如果您能证明公司注销存在恶意逃避债务等违法情况，您可以向法院起诉，要求相关责任主体承担责任。
- 实际操作：在这种情况下，您需要收集充分的证据来证明公司的恶意注销行为，如清算报告、注销登记信息等，以便通过法律途径追究相关责任主体的责任。
公司注销后存在承继单位
- 如果公司注销后存在承继其权利义务的单位，您可以向该承继单位主张您的权益。
- 建议行动：及时与承继单位沟通，并出示相关证据（如劳动合同、工资条等），以证明您与原公司存在劳动关系及权益受损情况。
为了更好地维护您的权益，我建议您采取以下措施：
- 收集证据：尽快收集与原公司存在劳动关系的证据，如劳动合同、工资条、工作证等，以及证明您权益受损的相关材料。
- 咨询专业律师：虽然我可以在这里给您提供一些基本的法律建议，但每个案件的具体情况都有所不同。因此，我建议您咨询一位专业律师，以便根据您的具体情况制定更精确的维权策略。
- 关注公司注销情况：及时了解公司注销的具体流程和相关证据，以便在需要时向法院或仲裁机构提供。
最后，我想强调的是，公司注销并不意味着您的权益就无法维护。只要您能够收集到充分的证据，并依据相关法律法规采取正确的行动，您仍然有机会通过法律途径来维护自己的合法权益。如果您在这个过程中遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。