当摩托车与小车发生相撞事故，且摩托车司机仅受轻伤并已出院时，保险公司的理赔流程通常遵循以下步骤和原则：
一、事故责任认定
首先，应由交通警察部门出具道路事故责任认定书，明确摩托车与小车在事故中的责任比例。这是后续保险公司理赔的重要依据。
二、保险公司理赔流程
交强险理赔：
- 若小车投保了交强险（机动车第三者责任强制保险），保险公司将在交强险责任限额内进行赔偿。交强险的赔偿限额包括死亡伤残赔偿限额、医疗费用赔偿限额和财产损失赔偿限额。
- 对于摩托车司机的人身伤害（如医疗费用、误工费等）和财产损失（如摩托车维修费用），保险公司将先在交强险的相应分项限额内进行赔付。
商业三者险理赔：
- 若小车还投保了商业三者险（第三者责任商业保险），且交强险的赔偿限额不足以覆盖全部损失，那么超出部分将按照小车在事故中的责任比例，由商业三者险进行赔偿。
- 例如，如果小车负主要责任，可能承担70%的赔偿份额，这部分将由商业三者险根据保险合同进行赔付。
摩托车自身保险理赔：
- 如果摩托车司机也投保了相关保险，如驾乘人员意外险等，那么这部分保险也可以按照合同约定对摩托车司机的人身伤害进行相应赔付。
三、理赔所需材料
在理赔过程中，双方需及时报警并向各自保险公司报案。同时，需要配合保险公司进行查勘定损，并提供真实有效的证明材料，包括但不限于：
- 事故认定书
- 医疗发票（证明摩托车司机的医疗费用）
- 维修清单（证明摩托车的财产损失）
- 其他相关证据（如现场照片、证人证言等）
四、理赔注意事项
- 保险公司会依据保险条款及相关证据，准确核定损失并进行赔偿。因此，提供完整、真实的证明材料至关重要。
- 如果对保险公司的理赔决定有异议，可以与保险公司进行协商，或者通过法律途径解决争议。
五、特殊情况处理
- 如果事故责任难以认定，或者存在其他特殊情况（如一方逃逸、伪造现场等），那么理赔过程可能会更加复杂。在这种情况下，建议寻求专业律师的帮助，以维护自己的合法权益。
综上所述，当摩托车与小车相撞且摩托车司机轻伤出院时，保险公司的理赔将依据事故责任认定书、交强险和商业三者险的保险条款以及相关证明材料进行。双方应积极配合保险公司的理赔工作，并提供必要的证明材料，以确保理赔过程的顺利进行。