当《医师法》与《行政处罚法》在具体适用中出现抵触时，应遵循以下处理原则：

1. 上位法优先原则
   根据《立法法》第九十二条，若两部法律均属同一效力层级（如均为全国人大制定的法律），则需结合立法目的和具体条款进行体系解释。若《医师法》对医师执业行为的处罚规定与《行政处罚法》的通用程序或种类冲突，应优先适用《行政处罚法》中关于处罚种类、程序和执行的基本规则，因后者是行政处罚领域的普遍性规范。

2. 特别法优先原则
   若《医师法》针对医师执业行为设定了专属处罚规则（如特定情形下的吊销执业证书），而《行政处罚法》仅规定一般性处罚种类（如警告、罚款），则应优先适用《医师法》的特别规定。例如，《医师法》第五十六条对医师未按规定报告医疗事故的处罚，属于行业特别规范，优先于《行政处罚法》的通用条款。

3. 程序与实体并重原则

   • 程序冲突：若《医师法》未规定处罚程序，而《行政处罚法》明确要求听证、告知等程序，行政机关必须遵循《行政处罚法》的程序要求。
     
   • 实体冲突：若《医师法》规定的处罚幅度（如罚款上限）低于《行政处罚法》，因后者未设定最低标准，可适用《医师法》的特别规定；反之，若《医师法》未规定上限而《行政处罚法》有规定，则不得超出《行政处罚法》的限额。

4. 立法目的解释原则
   若两部法律的冲突源于条款表述模糊，需通过立法目的解释。例如，《医师法》旨在保障医疗质量和患者安全，而《行政处罚法》旨在规范行政权力，此时应选择最能实现两部法律共同立法目的的解释方案。

实务建议：

• 行政机关在处罚医师时，应同时援引两部法律，说明特别规定与通用规定的适用关系。
  
• 若对法律适用存在争议，可通过行政复议或行政诉讼程序解决，法院将依据《行政诉讼法》第六十三条审查法律冲突，并作出最终裁决。
  

如有具体案例或条款适用疑问，可进一步提供细节，我将结合法条和司法实践深入分析。