当公司清算后发现大股东存在抽逃出资的行为时，处理方式主要遵循《中华人民共和国公司法》及相关司法解释的规定。以下是一个清晰、详细且有深度的解答步骤：

一、确认抽逃出资行为

首先，需要由专业的清算管理团队或相关机构对公司的财务状况进行仔细审查，确认大股东是否存在抽逃出资的行为。这一步骤至关重要，因为必须确保有确凿的证据来支持后续的处置措施。

二、法律责任与义务

一旦确认大股东存在抽逃出资行为，根据《中华人民共和国公司法》第三十五条及《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国公司法〉若干问题的规定（三）》第十四条的规定，该股东应当在其所抽逃出资本金及其利息的范围内，对公司未能偿还的负债承担补充性的赔偿义务。

三、追缴与赔偿

1. 追缴出资：大股东必须被要求尽快弥补其抽逃的出资缺口，包括本金及利息。这是为了增加破产财产的价值，以便更好地用于偿还公司的债务。

2. 赔偿债务：如果公司的债务因为大股东的抽逃出资而无法得到全额清偿，该股东还需要在抽逃出资本息范围内对公司债务不能清偿的部分承担补充赔偿责任。

四、法律程序与执行

1. 提起诉讼：如果大股东不愿意主动履行其赔偿义务，公司或其他股东、债权人可以依法向人民法院提起诉讼，要求该股东承担相应的法律责任。

2. 强制执行：在获得法院的支持后，如果大股东仍然不履行判决，可以通过法律程序进行强制执行，包括查封、冻结其财产等措施，以确保赔偿义务的履行。

五、其他相关事项

1. 连带责任：如果大股东抽逃出资的行为得到了其他股东、董事、高级管理人员或实际控制人的协助，他们也需要对此承担连带责任。

2. 员工权益保护：在公司破产清算的过程中，还需要特别注意保护员工的权益。根据《中华人民共和国劳动合同法》的规定，必须优先偿还给老员工薪酬及社会保险相关费用，并按规定支付经济补偿金。

综上所述，当公司清算后发现大股东存在抽逃出资的行为时，应当通过法律手段追究其责任，要求其弥补出资缺口并承担相应的赔偿责任，以确保公司的债务得到妥善处理和员工的权益得到保护。