信用卡逾期还进去的钱，通常是先扣利息及各项费用，最后才会扣本金，但逾期天数大于90天时，还进去的钱会先扣本金。以下是对此问题的详细分析：
一、还款冲抵顺序
有约定情况：
- 发卡机构与持卡人通常会在信用卡领用合约中明确约定还款的冲抵顺序。在大多数情况下，还款会先用于冲抵利息、费用（如滞纳金、超限费等），再冲抵本金。
- 例如，若逾期产生1000元利息、500元滞纳金，本金欠款10000元，当持卡人还款2000元时，这2000元会先用于扣除利息和滞纳金，剩余部分再冲抵本金。
无约定或法律规定情况：
- 若无明确约定，根据相关法律规定，还款的冲抵顺序可能遵循一定的规则，如优先抵充已到期的债务、缺乏担保或担保数额最少的债务等。但在信用卡业务中，由于银行通常会在领用合约中明确约定还款冲抵顺序，因此这种情况较为少见。
二、逾期本金、利息及违约金的计算
逾期本金：
- 逾期本金是指持卡人超过银行规定的还款期限（含宽限期）仍未偿还的透支消费金额。它是计算逾期利息和违约金的基础。
逾期利息：
- 逾期利息是基于逾期本金、逾期天数和逾期利率来计算的。信用卡逾期利息的日息率通常为万分之五（0.0005）。计算公式为：逾期利息 = 逾期本金 × 逾期利率 × 逾期天数。
违约金：
- 违约金是发卡银行在信用卡领用合约中约定的，当持卡人未按时还款时需支付的费用。它通常基于最低还款额未还清部分的一定比例来计算，如5%。
三、逾期还款的后果及建议
影响个人征信：
- 逾期还款会在个人征信记录上留下不良记录，影响持卡人未来的贷款申请、信用卡申请以及出国等事宜。
法律诉讼风险：
- 若逾期时间过长（如超过90天），银行有权向法院起诉持卡人。若持卡人以非法占有为目的，超限额或超期透支，并经两次催收后超过3个月仍不归还，将被认定为恶意透支，可能构成信用卡诈骗罪。
建议：
- 持卡人应尽量避免逾期还款，以免产生不必要的费用和信用记录污点。
- 若已逾期，应尽快与银行沟通，了解还款细节，并按约定或法定顺序进行清偿。
- 若确实无力偿还全部欠款，可与银行协商制定分期还款计划或申请延期还款。
举例说明：假设某持卡人信用卡欠款总额为12000元，其中本金10000元，利息1000元，滞纳金1000元。若持卡人还款2000元，且银行约定还款先冲抵利息和费用，则这2000元会先用于扣除利息1000元和滞纳金1000元，本金欠款仍为10000元。若逾期天数超过90天，且银行约定此时还款先冲抵本金，则这2000元会直接冲抵本金，剩余本金欠款为8000元。
如有任何关于信用卡纠纷或其他经济纠纷、债权债务方面的法律问题，都可以直接向我咨询。