关于加盟牛奶交5万保证金是否合法的问题，不能一概而论，需结合具体情况分析。以下是从不同角度进行的详细分析：

1. 合同自由原则与保证金约定

• 法律背景：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同双方在平等、自愿的基础上，可以约定合同的内容，包括保证金的支付。因此，如果加盟合同中明确约定了5万元保证金的条款，且该条款不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，那么该约定是合法的。
• 法律建议：在签订加盟合同时，务必仔细阅读合同条款，特别是关于保证金的支付、退还条件及方式等，确保自己的权益不受侵害。

2. 保证金数额的合理性

• 法律分析：虽然合同自由原则允许双方约定保证金，但保证金的数额应当合理，不得过高或过低。如果5万元保证金明显超出了加盟商能够承受的范围，或者与加盟业务的实际风险不成比例，那么该数额可能被视为不合理。
• 法律建议：在评估保证金数额时，可以考虑加盟业务的性质、规模、风险等因素，以及自身经济状况。如认为保证金数额过高，可与加盟商协商调整，或寻求法律途径解决。

3. 保证金的退还条件与方式

• 法律背景：根据《民法典》的规定，合同解除或终止后，保证金应当按照约定退还。如果加盟合同中未明确约定保证金的退还条件与方式，或者约定不明确，那么在合同解除或终止后，加盟商有权要求退还保证金。
• 法律建议：在签订合同时，应明确约定保证金的退还条件与方式，包括退还的时间、方式、是否扣除费用等。如合同未约定或约定不明确，可与加盟商协商补充约定，或依据法律规定主张权利。

4. 可能的法律后果

• 如果保证金约定合法且合理：加盟商应按照约定支付保证金，并在合同解除或终止后按照约定退还。如一方违约，应承担相应的违约责任。
• 如果保证金约定不合法或不合理：如保证金数额过高、退还条件不明确等，加盟商有权要求调整或撤销相关条款，并可能主张因对方过错导致的损失赔偿。

5. 实际操作中的注意事项

• 保留证据：在签订合同、支付保证金等过程中，务必保留相关证据，如合同文本、支付凭证等，以备不时之需。
• 及时沟通：如遇问题或争议，应及时与加盟商沟通协商，寻求解决方案。如协商无果，可寻求法律途径解决。

如果有任何关于加盟合同或保证金的具体问题，可以直接向我咨询。我将根据您的具体情况，提供更为详细和专业的法律建议。