摩托车驾驶员在以下情况会被扣12分：

1. 醉酒后驾驶机动车：

   • 醉酒驾驶是严重的交通违法行为，不仅危及自身安全，也对他人的生命财产安全构成极大威胁。根据《道路交通安全违法行为记分管理办法》，醉酒后驾驶机动车的，一次记12分。

2. 驾驶与准驾车型不符的机动车：

   • 驾驶员必须持有与所驾驶车辆类型相符的驾驶证。如果驾驶与准驾车型不符的机动车，如持C1驾照驾驶摩托车，将被视为无证驾驶的一种情形，一次记12分。

3. 造成交通事故后逃逸，尚不构成犯罪：

   • 发生交通事故后，驾驶员有义务立即停车，保护现场，抢救伤者，并迅速报告执勤的交通警察或者公安机关交通管理部门。如果逃逸，即使尚未构成犯罪，也将被一次记12分。

4. 上道路行驶的机动车未悬挂机动车号牌，或者故意遮挡、污损、不按规定安装机动车号牌：

   • 机动车号牌是车辆的身份证明，必须清晰、完整地悬挂在车辆上。如果未悬挂、故意遮挡、污损或不按规定安装机动车号牌，将被一次记12分。

5. 使用伪造、变造的机动车号牌、行驶证、驾驶证、校车标牌或者使用其他机动车号牌、行驶证：

   • 伪造、变造机动车相关证件是严重的违法行为，不仅扰乱了交通管理秩序，也损害了其他驾驶员的合法权益。使用伪造、变造的证件或者使用其他车辆的证件，将被一次记12分。

6. 驾驶机动车在高速公路上倒车、逆行、穿越中央分隔带掉头：

   • 高速公路是封闭的道路，车辆必须按照规定的方向行驶。如果在高速公路上倒车、逆行或者穿越中央分隔带掉头，将严重危及交通安全，一次记12分。

被扣12分后的处理流程：

• 扣留驾驶证：根据规定，若在一个记分周期内累积记分达到12分，公安机关交通管理部门将扣留你的机动车驾驶证。
• 参加满分教育：在扣分达到或超过12分之日起的十五日内，你需要前往核发地或者违法行为地的公安机关交通管理部门报名参加为期七日的道路交通安全法律、法规和相关知识学习。
• 参加考试：完成满分教育后，你需在二十日内参加道路交通安全法律、法规和相关知识考试（科目一）。考试合格后，记分将被清除，驾驶证也将被发还。

特殊提醒：

• 如果拒绝参加学习或考试，或者考试不合格，你的机动车驾驶证将被停止使用，直至你按要求完成学习和考试。
• 如果在一个记分周期内有两次以上达到12分或者累积记分达到24分以上，除需参加科目一考试外，还需参加道路驾驶技能考试（科目三）。

作为摩托车驾驶员，务必严格遵守交通规则，确保行车安全。如果有任何法律问题，可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律建议。