不能对已经办理合法用地手续的原违法占用土地行为进行处罚。下面是对此结论的详细分析：

一. 违法行为的时效性

1. 违法行为与处罚的时效性：在土地管理中，对于违法占用土地的行为，其违法性是基于行为发生时的法律状态来判断的。如果当时的行为违反了土地管理法规，那么该行为就被视为违法。然而，对于违法行为的处罚，并不是无期限的。
2. 合法化后的影响：当原违法占用土地人后来办理了合法用地手续后，该土地的使用状态就已经从违法变为了合法。此时，再对之前的违法行为进行处罚，就失去了法律依据。因为处罚是针对违法行为本身的，而该行为已经通过合法手续得到了纠正。

二. 法律依据

• 根据《中华人民共和国土地管理法》及相关法律法规，对于违法占用土地的行为，应当依法进行处罚。但是，如果违法行为人后来办理了合法用地手续，那么该行为就不再属于违法行为，也就不能再进行处罚。

三. 实际案例

• 例如，某人在未经批准的情况下占用了土地进行建设，这是违法的。但是，如果他在后来被政府发现之前，主动补办了用地手续并获得了批准，那么他的行为就已经合法化，政府就不能再对他之前的违法行为进行处罚。

综上所述，对于已经办理合法用地手续的原违法占用土地行为，不能再进行处罚。这是因为该行为已经通过合法手续得到了纠正，失去了违法性。我的观点是，法律应当保护已经合法化的行为，避免对同一行为进行重复处罚。如有进一步需要，您可以继续咨询我。