若因不予起诉而影响当选村干部的有效性，需分情况处理，核心结论如下：

1. 若不予起诉决定基于“证据不足、事实不清”
   根据《刑事诉讼法》第177条，检察院作出不起诉决定（存疑不起诉）时，仅表明现有证据无法证明犯罪事实，但未否定行为本身的违法性。此时需区分：

   • 若行为涉及违反《村民委员会组织法》第18条的禁止性规定（如被判处刑罚未满五年、被剥夺政治权利等），即使未被起诉，仍可能因“不符合候选人资格”被取消当选资格。例如，若行为涉嫌职务侵占但证据不足未起诉，但曾因此被行政处罚，可能影响资格。
     
   • 若行为不涉及禁止性规定（如普通民事纠纷未达犯罪程度），则不予起诉不影响当选效力，需结合地方选举细则判断。

2. 若不予起诉决定基于“情节显著轻微、不构成犯罪”（相对不起诉）
   根据《刑事诉讼法》第177条第2款，此类行为虽不构成犯罪，但可能违反治安管理处罚法。此时需核查：

   • 地方选举规定是否将“治安处罚记录”纳入禁止情形。例如，部分地区规定“近三年内受过行政拘留”的人员不得参选，若不予起诉同时伴随行政处罚，可能影响资格。
     
   • 若地方规定未明确限制，则不予起诉本身不直接导致当选无效，但需防范后续举报或监督程序启动。

3. 若不予起诉后发现新证据或行为违法
   根据《村民委员会组织法》第18条，村民选举委员会应在选举前对候选人资格进行审查。若选举后发现当选人存在“被追究刑事责任”或“违反法律法规”的情形，可由乡级政府或县级民政部门调查，并依法宣布当选无效。

实务建议：

• 核查地方选举细则：不同省份对村干部候选人资格的规定存在差异（如浙江、广东等地细则更严格），需以当地文件为准。
  
• 主动公示说明：若存在不予起诉记录，建议在选举前主动向选举委员会说明情况，避免后续争议。
  
• 法律救济途径：若当选后被宣布无效，可依法申请行政复议或提起行政诉讼，主张程序违法或事实认定错误。

如有具体案件细节（如不予起诉类型、地方规定等），可进一步补充说明，我将为您定制分析方案。