针对您提出的问题——鉴定结论认为一个医疗机构没有过错，而另外一个医疗机构有过错时，原告应该如何处理，以下是我的详细分析和建议：

1. 明确责任主体，聚焦过错方

首先，原告需要明确的是，在医疗纠纷中，责任主体是具体的医疗机构或医务人员。既然鉴定结论已经明确指出一个医疗机构存在过错，那么原告应当将主要精力放在追究该过错方的责任上。对于没有过错的医疗机构，原告无需（也无法）追究其责任。

2. 收集并固定证据

• 病历资料：确保从过错方医疗机构获取完整的病历资料，包括门诊记录、住院记录、手术记录、检查报告等。这些资料是证明医疗机构过错的关键证据。
• 鉴定报告：鉴定结论是法院认定医疗机构过错的重要依据。原告应妥善保管鉴定报告，并在诉讼过程中作为证据提交。
• 其他证据：如患者受伤前后的照片、视频，以及与医疗机构沟通的录音、录像等，这些证据有助于更直观地展示医疗机构的过错行为。

3. 提起诉讼，主张赔偿

• 确定诉讼请求：原告应根据自身损失情况，明确诉讼请求，包括医疗费、误工费、护理费、残疾赔偿金（如构成残疾）、精神损害抚慰金等。
• 选择管辖法院：根据《民事诉讼法》的相关规定，医疗纠纷案件一般由医疗机构所在地或患者居住地的基层人民法院管辖。原告应选择对自己有利的管辖法院提起诉讼。
• 提交起诉状及证据：原告应撰写起诉状，明确被告（过错方医疗机构）、诉讼请求、事实与理由等，并附上相关证据材料，向法院提交。

4. 参与诉讼过程，维护自身权益

• 出庭应诉：原告应按时出庭，参与庭审过程，回答法官和对方当事人的询问，陈述自己的主张和理由。
• 质证与辩论：在庭审过程中，原告有权对对方提交的证据进行质证，提出异议；同时，也有权发表辩论意见，阐述自己的观点和理由。
• 调解与和解：在诉讼过程中，如果双方愿意，可以尝试通过调解或和解的方式解决纠纷。这有助于节省时间和成本，实现双赢。

5. 关注判决结果，执行赔偿

• 接受判决：无论判决结果如何，原告都应尊重法院的判决。如果认为判决有误，可以在法定期限内提起上诉。
• 执行赔偿：如果判决过错方医疗机构承担赔偿责任，原告应关注判决的执行情况。如果对方不履行判决义务，原告可以向法院申请强制执行。

6. 考虑其他救济途径

• 行政投诉：如果认为医疗机构存在严重的违规行为，原告还可以向卫生行政部门进行投诉，要求其对医疗机构进行行政处罚。
• 媒体曝光：在适当的情况下，原告也可以通过媒体曝光医疗机构的不当行为，引起社会关注，促使医疗机构改正错误。

最后需要强调的是：在处理医疗纠纷时，原告应保持冷静和理性，遵循法律程序，通过合法途径维护自己的权益。同时，也可以考虑咨询专业律师（比如我）的意见，以获得更全面和专业的法律支持。如果您有任何法律问题或需要进一步的帮助，请随时向我咨询。