结论前置：借款3900元，12个月要还4690元，是否合法需根据具体情况判断，但从年利率的角度初步分析，该还款金额可能涉及较高的利息，是否合法取决于实际年利率是否超过法律规定的上限。

法律背景与利率规定

根据《最高人民法院关于审理民间借贷案件适用法律若干问题的规定》，民间借贷的利率受到法律保护的上限为合同成立时一年期贷款市场报价利率（LPR）的四倍。以当前常见的LPR水平为例，假设一年期LPR为3.85%，则法律保护的利率上限大约为15.4%（3.85% * 4）。若实际年利率超过此上限，超出部分的利息将不受法律保护。

利息计算与合法性分析

1. 计算实际年利率：

   • 借款本金：3900元
   • 还款总额：4690元
   • 还款期限：12个月
   • 利息总额：4690元 - 3900元 = 790元
   • 实际年利率计算公式：\( \text{年利率} = \left( \frac{\text{利息总额}}{\text{借款本金}} \right) \div \left( \frac{\text{还款月数}}{12} \right) \times 100\% \)
   • 代入数值计算：\( \text{年利率} = \left( \frac{790}{3900} \right) \div \left( \frac{12}{12} \right) \times 100\% \approx 20.26\% \)

2. 合法性判断：

   • 若按照上述假设的LPR水平（3.85%）计算，法律保护的利率上限约为15.4%。
   • 计算出的实际年利率（约20.26%）超过了法律保护的利率上限。
   • 因此，从年利率的角度初步判断，该还款金额可能涉及较高的利息，超出法律保护上限的部分将不受法律保护。

特殊情况与注意事项

1. 合同约定：

   • 如果借款合同中明确约定了还款金额和利率，且该利率未超过法律规定的上限，则还款金额是合法的。
   • 但若合同中的利率超过了法律保护的上限，超出部分的利息将不受法律保护，借款人可以拒绝支付超出部分的利息。

2. 其他费用：

   • 除了利息外，如果借款合同中还约定了其他费用（如手续费、管理费等），这些费用也应计入总成本进行考量。
   • 若总成本（包括利息和其他费用）超过了法律保护的利率上限对应的金额，则超出部分同样不受法律保护。

3. 法律变化：

   • 需要注意的是，LPR水平会随时间变化，因此法律保护的利率上限也会相应调整。
   • 在判断具体案件的合法性时，应参考合同成立时的LPR水平。

建议与后续行动

1. 核查合同：

   • 建议您仔细核查借款合同中的利率和其他费用条款，确保它们未超过法律规定的上限。

2. 协商与调解：

   • 如果发现合同中的利率或其他费用过高，您可以与出借人协商降低利率或减免部分费用。
   • 若协商无果，您可以考虑通过调解、仲裁或诉讼等法律途径解决争议。

3. 咨询专业律师：

   • 鉴于法律问题的复杂性，我建议您在必要时咨询专业律师以获取更具体的法律建议。不过，就目前的问题而言，我已经提供了基于当前信息的初步分析。

有问题可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供更详细的法律指导。