当法院执行过程中发现被执行人只有工资余额可供执行时，执行程序会按照法定流程进行，同时会兼顾被执行人的基本生活需求。以下是详细的解答：
一、法院的执行措施
查询、冻结、划拨工资账户：
- 法院有权查询被执行人的工资账户信息。
- 在确认账户信息后，法院会冻结该账户，防止被执行人转移资金。
- 随后，法院会根据执行金额，划拨账户中的相应资金至法院指定账户，用于清偿债务。
保留必要生活费用：
- 在执行过程中，法院会考虑被执行人及其所扶养家属的基本生活需求。
- 根据当地生活水平、家庭状况等因素，法院会确定一个必要的生活费用标准，并从被执行人的工资中预留这部分费用。
- 剩余工资则用于偿债。
二、执行过程中的特殊情况处理
工资较高，能逐步偿债：
- 如果被执行人的工资较高，足以逐步清偿债务，法院会持续执行，按月划拨工资至法院指定账户。
工资较低，难以一次性偿债：
- 如果被执行人的工资较低，难以一次性清偿全部债务，法院会与债权人协商，制定分期还款计划。
- 根据被执行人的工资收入和债务情况，法院会确定一个合理的还款期限和金额。
发现其他财产线索：
- 如果在执行过程中，发现被执行人有其他财产线索（如房产、车辆等），应及时告知法院。
- 法院会根据新的财产线索，采取相应的查封、扣押、冻结等措施，以加速债务的清偿。
三、被执行人的权利与义务
配合执行工作：
- 被执行人应积极配合法院的执行工作，提供真实的工资账户信息和其他相关证据。
- 如果被执行人认为法院保留的生活费用不足以维持基本生活，可以向法院提出书面申请，说明情况并提供相关证据，请求法院适当调整保留金额。
避免逃避执行行为：
- 被执行人不得转移、隐匿财产或采取其他逃避执行的行为。
- 如果发现被执行人有逃避执行的行为，法院可以对其采取罚款、拘留等强制措施，情节严重的还可以追究其拒不执行判决、裁定罪。
四、申请执行人的注意事项
提供财产线索：
- 申请执行人应积极向法院提供被执行人的财产线索，包括工资账户信息、其他财产情况等。
- 这有助于法院更准确地执行债务，加速债务的清偿。
定期沟通执行进展：
- 申请执行人应定期与法院沟通，了解执行进展情况。
- 如果被执行人的工资调整或其他情况发生变化，申请执行人应及时向法院申请调整执行金额或采取其他相应措施。
综上所述，当法院执行过程中发现被执行人只有工资余额可供执行时，会按照法定流程进行查询、冻结、划拨工资账户，并保留必要的生活费用。同时，会根据被执行人的工资收入和债务情况制定合理的还款计划。被执行人应积极配合执行工作，避免逃避执行行为；申请执行人则应提供财产线索并定期沟通执行进展。