结论前置：

1. 一般情况下，治疗两个月结束治疗后去申请劳动能力鉴定是可以的，但需确保病情稳定且符合鉴定条件。
2. 若病情尚未稳定或存在后续治疗需求，建议等待治疗结束并病情稳定后再申请鉴定。

详细分析：

在劳动工伤领域中，劳动能力鉴定是确定工伤职工伤残等级和享受工伤保险待遇的重要依据。关于您提出的“系统康复治疗可以治疗三个月，治疗两个月结束治疗去申请劳动能力鉴定可以吗”的问题，我们需要从以下几个方面进行考虑：

一、病情稳定是申请劳动能力鉴定的前提

劳动能力鉴定通常要求工伤职工的病情已经稳定，即经过治疗后，病情不再出现明显的恶化或好转趋势，且医生认为已经达到了可以评估伤残程度的阶段。如果您的病情在治疗两个月后已经稳定，且医生认为后续治疗对伤残等级的评估影响不大，那么您可以考虑申请劳动能力鉴定。

二、治疗结束并不等同于病情稳定

虽然您提到了系统康复治疗可以治疗三个月，但治疗结束并不意味着病情一定已经稳定。有时候，即使治疗结束，病情仍可能存在波动或需要进一步的康复治疗。因此，在决定是否申请劳动能力鉴定时，您需要充分考虑自己的病情是否已经稳定到可以接受鉴定的程度。

三、申请劳动能力鉴定的时机选择

1. 病情稳定且符合鉴定条件：如果您的病情已经稳定，且符合当地劳动能力鉴定机构规定的鉴定条件（如治疗结束、病历资料齐全等），那么您可以随时申请劳动能力鉴定。

2. 病情尚未稳定或存在后续治疗需求：如果您的病情尚未稳定，或者医生认为您还需要进一步的康复治疗，那么建议您等待治疗结束并病情稳定后再申请劳动能力鉴定。这样可以确保鉴定结果的准确性，避免因为病情变化而导致鉴定结果需要重新评估。

四、实际操作建议

• 咨询医生意见：在决定是否申请劳动能力鉴定前，建议您先咨询主治医生的意见。医生可以根据您的病情和治疗情况，给出是否适合进行劳动能力鉴定的建议。

• 了解当地规定：不同地区的劳动能力鉴定机构可能对鉴定条件和时间有不同的规定。因此，在申请前，建议您先了解当地的相关规定和流程。

• 准备齐全资料：申请劳动能力鉴定时，您需要准备齐全的病历资料、诊断证明、治疗记录等相关材料。这些材料将作为鉴定机构评估您伤残程度的重要依据。

五、可能面临的法律后果

如果您在病情尚未稳定的情况下申请了劳动能力鉴定，并因此导致了鉴定结果的不准确或需要重新评估，那么您可能会面临一些不必要的麻烦和损失。例如，您可能需要再次接受鉴定检查、等待新的鉴定结果等。因此，为了确保自己的权益得到最大程度的保障，建议您在病情稳定后再申请劳动能力鉴定。

总结与建议：

治疗两个月结束治疗后去申请劳动能力鉴定是可以的，但前提是您的病情已经稳定且符合鉴定条件。如果病情尚未稳定或存在后续治疗需求，建议您等待治疗结束并病情稳定后再申请鉴定。在申请前，请务必咨询医生意见、了解当地规定并准备齐全资料。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。