国债券代保管凭证作为质押物进行担保不发生担保法律效力。具体分析如下：

一. 国债券代保管凭证的法律性质

1. 保管关系的证明：根据财政部《关于统一使用财政部监制的〈国债券代保管凭证〉的通知》(1995年2月13日)第2条规定，国债券代保管凭证是国债经营机构受国债投资者的委托，开具给各类投资者实物国债券的代保管凭证。它只作为国债经营机构对售出的财政部代表国家发行的各年度未到期实物国债券的代保管证明。
2. 非有效权利凭证：该凭证不具有其他用途，不得在国债二级市场的流通转让业务中作为实物券的交收凭证使用，也不得进行转卖、抵押、回购业务。

二. 国债券代保管凭证作为质押物的法律效力

1. 不符合《担保法》规定：由于国债券代保管凭证只是保管关系的证明，并非实物券的有效权利凭证，因此将其作为质押物进行担保，不符合《担保法》的有关规定。
2. 不发生担保效力：以此作为质押物履行借款合同中的抵押条款，不发生抵押担保的法律效力。即使证券公司在有价单证证明上盖章，也不能改变国债券代保管凭证的法律性质，亦不能导致质押关系发生法律效力。

综上所述，国债券代保管凭证只是保管关系的证明，不是实物券的有效权利凭证，将其作为质押物进行担保不发生担保的法律效力。如有进一步需要，您可以继续咨询我。