当公司面临股东起诉并申请财产保全的情况时，公司需要采取一系列合理且合法的措施来应对。以下是我为您详细梳理的处理步骤和建议：

一、了解保全法律流程与要求

首先，公司必须清楚知晓保全的相关法律流程与要求。这包括了解股东申请财产保全的法律依据、法院审查保全申请的标准、以及保全措施的具体执行方式等。只有充分了解这些流程和要求，公司才能更好地配合法院工作，并有效维护自身权益。

二、全力配合法院工作

在保全措施执行过程中，公司应全力配合法院的工作。这包括提供必要的文件资料、协助法院进行财产调查、以及在必要时允许法院对公司财产进行查封、扣押或冻结等。配合法院工作是公司应尽的法律义务，也是确保保全措施顺利执行的关键。

三、考虑提供担保解除保全

如果公司认为保全措施对公司正常经营造成了较大影响，且公司有能力提供合法担保，那么可以考虑在规定期限内向法院提供担保，以此请求法院解除保全措施。担保的形式可以多种多样，如现金担保、银行保函、第三方担保等。只要担保合乎法律规定，法院有较大可能会解除保全。

四、提出异议维护权益

若公司认为保全措施不妥，如保全范围过大、保全对象错误等，可以在法定时间内向法院提出异议。提出异议时，公司需要提供充分的证据和理由，以证明保全措施存在不当之处。法院在收到异议后，会进行审查并作出相应裁决。

五、尊重法律程序与裁决

在整个处理过程中，公司必须尊重法律程序和法院的裁决。无论是对保全措施的配合、提供担保解除保全，还是提出异议维护权益，都需要在法律框架内进行。同时，公司也要接受法院的最终裁决，并按照裁决结果执行。

六、具体案例分析

以您提到的案例为例，股东小李起诉公司并申请财产保全，法院依法对公司部分财产进行了保全。公司知晓后，认为保全措施影响公司正常经营，且认为小李的保全申请可能存在不合理之处。此时，公司可以按照上述步骤进行处理：首先了解保全法律流程与要求；其次全力配合法院工作；然后考虑是否能在规定期限内提供合法担保解除保全；如果认为保全措施不妥，可以在法定时间内提出异议；最后尊重法律程序与裁决。

综上所述，当公司面临股东起诉并申请财产保全的情况时，应保持沉着冷静，主动应对，并依据法律来维护自身合法权益。