关于农民工工资保证金的缴纳问题，这实际上是一个根据地区和具体政策有所差异的问题。不过，我可以根据一般情况和您提到的参考信息，给出一个较为全面的解答。
一般情况：
在多数地区和政策框架下，农民工工资保证金通常是由施工总承包单位（或称为总包单位）来缴纳的。这是为了确保在工程建设过程中，如果发生拖欠农民工工资的情况，能够有足够的资金来保障农民工的合法权益。施工总承包单位作为工程建设的主体，对农民工工资的支付负有直接责任，因此缴纳保证金是一种有效的风险防控措施。
特定地区政策：
然而，也有一些地区或政策对农民工工资保证金的缴纳主体有特别规定。例如，您提到的陕西省在2016年出台的一系列文件中，就改革完善了农民工工资保证金制度，将缴纳主体由施工企业变为了建设单位。这一改革旨在从源头上预防因拖欠工程款而引发的拖欠农民工工资问题，进一步夯实了企业的责任。
具体操作流程：
无论是由施工总承包单位还是建设单位缴纳，农民工工资保证金的缴纳通常都需要遵循一定的流程。以无锡市为例，施工总承包单位需要通过专门的农民工工资保证金信息平台进行账号注册、申请缴纳等操作，并凭《农民工工资保证金存储申请书》至金融机构办理存储事宜。存储方式可以包括现金存储、银行保函或保险等。
总结与建议：
了解当地政策：由于农民工工资保证金的缴纳主体和具体流程可能因地区而异，因此建议您首先了解当地的相关政策规定。
与相关部门沟通：如果您是施工总承包单位或建设单位，可以与当地的人社部门或建设主管部门进行沟通，了解具体的缴纳要求和流程。
确保合规操作：无论是由谁缴纳，都应确保按照政策规定进行合规操作，以保障农民工的合法权益和企业的正常运营。
希望以上解答能够对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的咨询，请随时告诉我。