关于司机超时乘客取消是否要扣违约金的问题，这并非一个简单的“是”或“否”的答案，而是需要根据具体情况和合同条款来判断。以下是我从不同角度为你进行的分析：
一、合同条款的约定
查看合同内容：
- 首先，你需要仔细查看与网约车平台或司机签订的合同（包括用户协议、服务条款等），看其中是否有关于司机超时、乘客取消以及违约金的相关规定。
- 如果合同中明确规定了司机超时情况下乘客取消订单需要支付违约金，那么乘客可能需要按照合同约定支付。
合同条款的合法性：
- 即使合同中有相关约定，也需要判断这些条款是否合法、有效。例如，如果违约金条款过于苛刻，可能被视为不公平条款，从而在法律上不被支持。
二、司机超时的责任
司机超时的定义：
- 需要明确“司机超时”的具体定义，是超过预计到达时间一定时长，还是完全未按照约定时间到达。
司机超时的责任归属：
- 如果司机超时是由于司机自身原因（如交通违规、故意拖延等）造成的，那么乘客取消订单并要求不支付违约金是合理的。
- 如果司机超时是由于不可抗力因素（如交通拥堵、恶劣天气等）造成的，那么乘客取消订单时可能需要考虑合同条款的约定。
三、乘客取消订单的权利
乘客的取消权：
- 在大多数情况下，乘客有权在合理时间内取消订单，尤其是当司机未能按照约定时间提供服务时。
取消订单的后果：
- 如果乘客取消订单，且合同中没有明确规定需要支付违约金，或者违约金条款被认定为不合法，那么乘客通常不需要支付违约金。
四、实际操作中的建议
与平台或司机沟通：
- 在遇到司机超时的情况下，建议乘客首先与平台或司机进行沟通，了解超时原因，并尝试协商解决方案。
保留证据：
- 如果乘客决定取消订单，建议保留相关证据（如订单信息、超时记录、沟通记录等），以备不时之需。
寻求法律帮助：
- 如果乘客与平台或司机在违约金问题上无法达成一致，可以寻求法律帮助，通过法律途径解决争议。
总结来说：
- 如果合同中有明确规定且条款合法：乘客可能需要按照合同约定支付违约金。
- 如果合同中没有明确规定或条款不合法：乘客通常不需要支付违约金。
- 在实际操作中：建议乘客与平台或司机进行沟通，并保留相关证据以备不时之需。
如果你在具体操作中遇到任何问题，或者需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。我会根据你的具体情况，为你提供更详细、更专业的法律建议。