与招标单位存在纠纷的关联企业投标是否有效，需根据具体情况来判断，不能一概而论。以下是从不同角度进行的分析：

1. 法律法规的直接规定

• 一般原则：在招投标活动中，关联企业参与投标并不直接导致投标无效，除非法律法规或招标文件中有特别规定。关键在于关联企业之间是否存在不正当竞争、利益输送或影响公平竞争的行为。
• 具体规定：需查阅具体的招投标法律法规（如《中华人民共和国招标投标法》及其实施条例）以及招标文件中的相关规定。若法律法规或招标文件明确禁止与招标单位存在纠纷的关联企业投标，或规定此类情况下投标无效，则应遵循该规定。

2. 关联企业投标的合法性分析

• 无直接禁止：若法律法规和招标文件均未明确禁止与招标单位存在纠纷的关联企业投标，则关联企业的投标行为本身并不违法。
• 潜在风险：然而，关联企业投标可能引发对公平竞争的质疑。如果关联企业之间存在控制关系、管理关系或其他可能影响公平竞争的情形，且未在投标文件中充分披露，则可能构成违规。

3. 实际操作中的考量因素

• 招标单位的立场：招标单位在评估投标时，会考虑关联企业投标可能带来的风险，如利益冲突、不公平竞争等。如果招标单位认为关联企业投标可能损害其利益或破坏公平竞争环境，可能会拒绝该投标。
• 投标文件的披露：关联企业在投标时，应充分披露其与招标单位之间的纠纷情况，以及可能影响公平竞争的其他因素。这有助于招标单位全面评估投标风险，并作出公正决策。
• 监管机构的审查：在招投标过程中，监管机构会对投标行为进行审查。如果发现关联企业投标存在违规行为，如串通投标、虚假陈述等，监管机构将依法予以处罚。

4. 建议与措施

• 提前沟通：关联企业在投标前，可与招标单位进行沟通，了解其对关联企业投标的态度和要求，以便更好地准备投标文件。
• 充分披露：在投标文件中，关联企业应详细披露其与招标单位之间的纠纷情况，以及其他可能影响公平竞争的因素，以体现诚信和透明度。
• 寻求法律意见：在涉及复杂法律问题时，关联企业可寻求专业律师的法律意见，以确保投标行为的合法性和合规性。

总结来看，与招标单位存在纠纷的关联企业投标是否有效，取决于法律法规、招标文件的具体规定以及投标过程中的实际情况。如果您在此类问题上遇到困惑或需要进一步的法律指导，请随时向我咨询。