针对您提出的“如果当时转包协议没有明确是经营权流转还是承包权转让，现在如何认定”的问题，这确实是一个在土地流转过程中可能遇到的复杂且关键的法律问题。以下是我为您提供的详细解答：
一、法律原则与背景
在处理此类问题时，我们首先要明确的是，我国法律对于土地承包经营权和土地经营权的流转有着明确的规定。特别是《中华人民共和国农村土地承包法》第三十六条，它明确指出承包方可以自主决定依法采取出租（转包）、入股或者其他方式向他人流转土地经营权，并向发包方备案。这一条款为我们处理此类问题提供了基本的法律框架。
二、认定原则
鼓励交易、维护交易安全原则：
- 在法律实践中，法院通常会倾向于鼓励交易、维护交易安全。这意味着，在协议内容不明确的情况下，法院会尽量寻找一种方式，使得交易能够继续有效进行，而不是轻易地宣告交易无效。
诚实信用原则：
- 诚实信用原则是民事法律活动的基本原则之一。在处理此类问题时，法院会考虑当事人的行为是否符合诚实信用原则，是否在交易过程中存在欺诈、隐瞒等不诚信行为。
协议内容与实际履行情况：
- 法院在认定时，还会综合考虑协议的具体内容以及当事人的实际履行情况。如果协议中虽然未明确约定是经营权流转还是承包权转让，但当事人的实际履行行为更符合经营权流转的特征，那么法院可能会倾向于认定为经营权流转。
三、具体认定方法
分析协议文本：
- 首先，要仔细分析协议文本，看其中是否有关于权利义务、流转方式、流转期限等关键条款的描述。这些条款可能间接反映出当事人是意图流转经营权还是承包权。
考察实际履行情况：
- 其次，要考察当事人的实际履行情况。比如，受让方是否实际行使了经营权（如种植、管理、收益等），是否向发包方进行了备案，以及发包方是否对受让方的经营行为表示了认可等。
参考类似案例：
- 还可以参考类似案例的判决结果。在司法实践中，法院对于类似问题的处理往往具有一定的连贯性和一致性。通过参考类似案例，可以更好地理解法院在处理此类问题时的思路和原则。
四、结合具体案例
以您提供的案例为例，法院在认定时考虑了多个因素：一是协议中并未明确约定不得转让；二是宋某财依法享有案涉土地的承包经营权，并有权向王某明转让案涉土地的经营权；三是王某明已办理向发包方备案的手续，且实际行使了经营权；四是协议已履行多年，当事人未提出过异议。基于这些考虑，法院最终认定转让协议系土地经营权的流转而非土地承包经营权的转让。
五、建议
在签订协议时明确约定：
- 为了避免类似纠纷的发生，建议在签订转包协议时明确约定是经营权流转还是承包权转让，并详细规定双方的权利义务、流转方式、流转期限等关键条款。
及时向发包方备案：
- 无论流转的是经营权还是承包权，都应及时向发包方进行备案，以确保流转的合法性和有效性。
寻求专业法律帮助：
- 如果在处理此类问题时遇到困难或不确定的情况，建议及时寻求专业法律帮助，以确保自身权益得到妥善保护。
综上所述，如果当时转包协议没有明确是经营权流转还是承包权转让，现在认定时应根据鼓励交易、维护交易安全及诚实信用原则，结合协议文本、实际履行情况以及类似案例的判决结果进行综合判断。