公司章程不能对抗善意第三人取得股权。以下是详细分析：

一. 公司章程的性质与约束对象

• 公司章程是公司内部的管理性文件，主要约束公司内部人员，包括股东、董事、监事等，而不直接约束外部第三人。
• 根据《公司法》第十一条，公司章程对公司内部人员具有法律约束力，但并未提及对外部第三人的约束力。

二. 善意第三人的权益保护

• 善意第三人是指在不知情的情况下，与公司进行交易或取得权益的第三方。
• 法律通常保护善意第三人的合法权益，以确保交易的安全和稳定。
• 在股权转让等交易中，如果第三人善意且合法地取得股权，其权益应受到法律保护。

三. 公司章程与股权取得的关系

• 公司章程可能规定了股权转让的条件、程序等，但这些规定主要约束公司内部股东之间的行为。
• 对于外部第三人而言，只要其取得股权的方式合法、善意，且符合相关法律法规的规定，公司章程中的相关限制就不能成为对抗其取得股权的依据。

四. 相关法律依据

• 根据《公司法》第三十二条第三款，未经登记或者变更登记的，不得对抗第三人。这表明，公司章程中的相关规定如果未进行登记或变更登记，就不能对抗外部第三人。
• 同时，《公司法》第六十七条第三款也明确指出，公司章程对董事会职权的限制不得对抗善意相对人。这一原则同样适用于公司章程对股权取得的相关规定。

五. 实际案例分析

• 在实际案例中，法院通常也会支持善意第三人取得股权的合法性。例如，在股权转让纠纷中，如果第三人善意且合法地取得了股权，并完成了相关登记手续，即使公司章程中有相关限制，法院也往往会认定第三人的股权取得有效。

综上所述，公司章程作为公司内部的管理性文件，其效力主要限于公司内部。在处理与外部第三人的法律关系时，应优先考虑善意第三人的合法权益。因此，公司章程不能对抗善意第三人取得股权。如有进一步需要，您可以继续咨询我。