重大疾病伤残鉴定费一般先由申请方垫付，最终承担主体需根据具体情况确定。以下从不同角度为您详细分析：

一、一般原则

在大多数情况下，伤残鉴定费由申请鉴定的一方先行垫付。这遵循了“谁主张，谁举证”的原则，即当事人为证明自身主张，会申请伤残鉴定等证据，此费用先由该当事人垫付。后续在诉讼过程中，一般由败诉方承担该费用；倘若部分败诉，那就按照责任比例来分担。

二、特定情形下的承担主体

1. 工伤导致的伤残：

   • 根据《工伤保险条例》及相关规定，如果是因为工伤导致的伤残，初次劳动能力鉴定费用通常由工伤保险基金支付。若用人单位未按规定提出工伤认定申请，而由工伤职工或者其近亲属、工会组织在规定期限内提出申请的，鉴定费用由该职工所在单位按照规定标准垫付，但最终仍可能由工伤保险基金承担（具体取决于地方规定和实际操作）。
   • 法律依据：《工伤保险条例》第二十四条：“劳动能力鉴定委员会依照本条例第二十六条和第二十八条的规定进行再次鉴定和复查鉴定的期限，依照本条例第二十五条第二款的规定执行。省、自治区、直辖市劳动能力鉴定委员会作出的劳动能力鉴定结论为最终结论。劳动能力鉴定工作应当客观、公正。劳动能力鉴定委员会组成人员或者参加鉴定的专家与当事人有利害关系的，应当回避。根据上述规定，初次劳动能力鉴定费用由工伤保险基金支付。”

2. 因交通事故等其他原因导致的伤残：

   • 通常由侵权人承担鉴定费用。侵权人需要对受害人的损失进行赔偿，包括因伤残鉴定而产生的合理费用。
   • 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》侵权责任编的相关规定，侵权人因其侵权行为造成他人损害的，应当承担赔偿责任，这包括因伤残鉴定而产生的费用。

3. 自行委托鉴定：

   • 如果是自行委托伤残鉴定，通常由委托人自行承担费用。这种情况下，没有诉讼或仲裁程序来判定责任方，因此费用由委托人自行承担是合理的。

三、其他注意事项

• 双方共同申请鉴定：如果双方共同申请鉴定，一般需双方协商确定费用的承担方式。若协商不成，就由法院依据具体情况进行判决。
• 地区差异：不同的地区以及不同的案件类型，在伤残鉴定费的承担规定和做法上可能会有所差异。因此，在具体案件中，需要根据当地的规定和实际操作来确定承担主体。

四、建议

• 保留相关证据：无论是由哪方承担伤残鉴定费，都建议保留好相关证据，如鉴定费发票、支付凭证等，以备不时之需。
• 咨询专业律师：如果对伤残鉴定费的承担有疑问或争议，建议咨询专业律师以获取更具体的法律建议。

希望以上分析能对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。