对于实行综合工时制的公司职工未休年假，公司应支付三倍的日工资收入。以下是详细解释：

一、法律依据

根据《企业职工带薪年休假实施办法》第十条：“用人单位经职工同意不安排年休假或者安排职工年休假天数少于应休年休假天数，应当在本年度内对职工应休未休年休假天数，按照其日工资收入的300%支付未休年休假工资报酬，其中包含用人单位支付职工正常工作期间的工资收入”。这一规定明确指出了未休年假应支付的工资倍数。

二、综合工时制下的适用性

综合工时制是一种特殊的工作时间制度，它允许在一定周期内（如周、月、季、年）综合计算工作时间，但平均日和平均周工作时间应与法定标准工作时间基本相同。尽管工作时间计算方式特殊，但综合工时制下的职工同样享有带薪年休假的权利。因此，当职工未休年假时，公司应按照上述法律规定支付三倍的日工资收入。

三、具体计算方式

未休年休假工资报酬的计算公式为：未休年休假工资报酬 = 日工资收入 × 300% × 未休年休假天数。其中，日工资收入按照职工本人的月工资除以月计薪天数（21.75天）进行折算。例如，如果职工的月工资为5000元，未休年假天数为5天，那么公司应支付的未休年休假工资报酬为：5000元 ÷ 21.75天 × 300% × 5天 ≈ 3448.28元（结果四舍五入到小数点后两位）。

四、注意事项

1. 公司安排与职工同意：公司不安排年休假或者安排年休假天数少于应休年休假天数，需要经过职工的同意。如果职工不同意公司的不安排或减少安排，公司仍应安排职工休年假。
2. 工资支付：公司支付未休年休假工资报酬时，应包含职工正常工作期间的工资收入。也就是说，公司实际上需要额外支付的是职工日工资收入的200%（因为已经支付了正常工作期间的100%）。
3. 时效性：职工主张未休年休假工资报酬的时效期间为一年，从应休假年度次年的1月1日起算。如果职工在此期间内未向公司提出主张，可能会丧失胜诉权。

五、建议与后续行动

1. 与公司协商：如果职工发现公司未按照法律规定支付未休年休假工资报酬，可以首先与公司进行协商，要求公司补发工资。
2. 申请劳动仲裁：如果协商无果，职工可以向当地劳动仲裁机构申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
3. 咨询专业律师：在处理此类纠纷时，职工可以咨询专业律师，了解自己的权利和义务，以及如何更好地维护自己的权益。

希望以上解答能够帮助您更好地理解实行综合工时制的公司职工未休年假应支付的工资倍数问题。如果您还有其他疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。