结论前置：公司逾期支付买卖合同中的款项，每日违约金的合法数额并非固定，而是依据合同中的具体约定、实际损失情况，并参照相关法律法规及司法解释来确定。
一、合同有明确约定的情况
合同自治原则：根据合同自治原则，如果合同双方对逾期付款违约金的计算方式有明确且具体的约定，且该约定不违反法律、行政法规的强制性规定，那么一般应按照该约定执行。例如，合同中约定逾期付款违约金为每日万分之五，此约定在合法范围内通常有效，违约方需依此标准支付违约金。
调整情形：依据《中华人民共和国民法典》第五百八十五条，若约定的违约金过分高于或低于造成的损失，当事人可请求人民法院或仲裁机构予以适当调整。司法实践中，违约金超过造成损失的30%可能会被认定为“过分高于造成的损失”，此时法院或仲裁机构可能会根据当事人的请求对违约金数额进行适当减少。
二、合同无约定或约定不明确的情况
法定标准：当合同中没有约定逾期付款违约金或其计算方法时，根据相关司法解释，出卖人主张赔偿逾期付款损失的，其计算方式会因违约行为发生的时间而有所不同：
参照金融机构计收逾期贷款利息标准：在无明确约定的情况下，当事人也可主张违约金参照中国人民银行规定的金融机构计收逾期贷款利息的标准来计算，但这一标准通常也会受到法院或仲裁机构的审查，以确保其合理性。
以实际损失为基础：无论合同是否有约定，法院或仲裁机构在判断违约金是否合理时，都会以实际损失为基础，综合考虑合同的履行情况、当事人的过错程度等因素。一般来说，违约金的数额不应超过实际损失的30%，否则可能会被认定为过高而予以调整。
三、实际操作中的注意事项
合同审查：在签订买卖合同时，双方应仔细审查合同条款，特别是关于逾期付款违约金的约定，确保其合法、合理且明确。
证据保留：在合同履行过程中，双方应妥善保留与逾期付款相关的证据，如付款记录、催款通知等，以便在发生纠纷时能够证明自己的主张。
及时协商与诉讼：一旦发生逾期付款的情况，双方应及时进行协商，尝试通过友好方式解决纠纷。如果协商无果，守约方应及时向法院提起诉讼或向仲裁机构申请仲裁，以维护自己的合法权益。
法律建议：在处理公司逾期支付买卖合同款项的违约金问题时，建议双方首先审查合同条款，明确违约金的计算方式和标准。如果合同中没有约定或约定不明确，可以参照相关法律法规和司法解释来确定一个合理的违约金数额。同时，双方应保持沟通，尝试通过协商方式解决纠纷。如果协商无果，可以寻求法律途径来维护自己的权益。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。