畜禽粪污去向未记录，是可以进行处罚的，且通常由生态环境主管部门负责处罚。以下是对此问题的详细分析：

一、法律依据

根据《中华人民共和国固体废物污染环境防治法》(2020年修订)第一百零七条的规定：“从事畜禽规模养殖未及时收集、贮存、利用或者处置养殖过程中产生的畜禽粪污等固体废物的，由生态环境主管部门责令改正，可以处十万元以下的罚款；情节严重的，报经有批准权的人民政府批准，责令停业或者关闭。”这一条款明确规定了对于畜禽粪污处理不当的处罚措施，包括未记录去向的情况，因为未记录去向可能意味着未及时收集、贮存、利用或处置。

二、处罚部门

1. 生态环境主管部门：根据上述法律条款，生态环境主管部门是负责对此类违法行为进行处罚的主要部门。他们有权对未按规定处理畜禽粪污的行为进行调查，并依据调查结果作出相应的行政处罚决定。

三、处罚流程与责任

1. 立案责任：生态环境主管部门在发现违法行为或接到举报后，会进行审查并决定是否立案。
2. 调查责任：立案后，会指定专人负责调查取证，确保调查过程的公正性和合法性。
3. 审查责任：对调查报告进行审查，包括违法事实、证据、调查取证程序等方面，提出处理意见。
4. 告知责任：在作出行政处罚决定前，会制作《行政处罚告知书》告知当事人违法事实、处罚内容、陈述申辩及听证权利。
5. 决策与决定责任：作出重大行政处罚的，会进行集体讨论并作出具体处罚内容的决策，然后制作行政处罚决定书。
6. 送达与执行责任：行政处罚决定书会按照法律规定的方式送达当事人，并依照生效的行政处罚决定执行相应的处罚措施。

四、法律建议

1. 合规操作：对于从事畜禽规模养殖的单位和个人，应严格按照法律规定及时收集、贮存、利用或处置养殖过程中产生的畜禽粪污，并记录其去向，以避免不必要的法律风险。
2. 积极配合：如果接到生态环境主管部门的调查通知或处罚决定，应积极配合调查工作，并按照要求改正违法行为或履行处罚决定。
3. 法律救济：如果对处罚决定有异议，可以依法申请行政复议或提起行政诉讼，以维护自己的合法权益。

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