针对您提出的“单位分的复式房子打了隔断分成两户了，都有房本，这个合法吗”的问题，以下是我的详细分析：

1. 从房屋结构改造的合法性角度分析：

   • 一般情况下，房屋的结构改造，特别是涉及承重墙或房屋主体结构的改动，需要获得相关部门的批准。若单位或个人在未获得批准的情况下擅自进行隔断改造，可能违反了《建设工程质量管理条例》等相关规定，属于违法行为。
   • 若改造行为已经获得了规划、建设等部门的合法批准，并且改造后的房屋结构安全、符合消防等要求，那么从结构改造的角度来看，可能是合法的。但这一点需要具体查看相关的批准文件和改造方案。

2. 从房产证（房本）的合法性角度分析：

   • 房产证是房屋所有权的法律证明。若两户都拥有合法的房产证，这通常意味着这两户房屋在法律上是被认可的。然而，这并不意味着改造行为本身就一定合法。房产证的发放可能基于多种因素，包括但不限于房屋的实际状况、规划许可等。
   • 需要进一步核查的是，这两户房产证是否都是基于合法的改造和规划许可发放的。如果其中一户或两户的房产证发放存在违规操作，如未经批准擅自分割房屋并办理房产证，那么这些房产证可能面临被撤销的风险。

3. 从单位分配房屋的角度分析：

   • 如果这套复式房子是单位分配的公房或福利房，那么单位在分配时可能有一定的规定和限制。单位是否允许对房屋进行隔断改造并分割成两户，需要查看单位的相关规定或分配协议。
   • 如果单位明确规定不允许对房屋进行隔断改造或分割，那么这种行为就违反了单位的规定，可能面临单位的处罚或要求恢复原状。

综合建议：

• 首先，建议您核查房屋隔断改造是否获得了相关部门的批准，以及改造方案是否符合安全、消防等要求。
• 其次，核查两户房产证的发放是否合法，是否存在违规操作。
• 最后，查看单位的相关规定或分配协议，确认是否允许对房屋进行隔断改造和分割。

若存在任何违规或不合法的行为，建议您及时与相关部门或单位沟通，寻求合法解决方案，以避免可能的法律风险和纠纷。如有进一步疑问或需要法律帮助，请直接向我咨询。