结论：骗了3000元还了1000元，仍然构成诈骗罪，司法机关可以立案追诉。

一、诈骗罪的立案标准

根据我国《刑法》及相关司法解释，诈骗公私财物价值三千元至一万元以上的，属于“数额较大”，达到诈骗罪的立案标准。这意味着，只要诈骗金额达到这个标准，无论是否退还部分款项，司法机关都有权立案侦查。

二、退还部分款项对立案的影响

退还部分诈骗所得，并不影响诈骗罪的成立和立案。退还行为只是量刑时的一个考量因素，可以视为犯罪嫌疑人有悔罪表现。法院在量刑时，可能会根据退还的金额、退还的及时性等因素，对犯罪嫌疑人从轻处罚。但退还部分款项并不能改变诈骗行为已经构成犯罪的事实。

三、具体案例分析

以您的情况为例，骗了3000元，即使后来还了1000元，诈骗金额仍然达到了3000元，符合“数额较大”的标准。因此，司法机关可以立案追诉。在后续的司法程序中，法院会综合考虑各种情节，包括退还的1000元，来决定最终的刑罚。

四、可能面临的法律后果

1. 刑事处罚：根据《刑法》的规定，诈骗公私财物数额较大的，处三年以下有期徒刑、拘役或者管制，并处或者单处罚金。法院会综合考量诈骗金额、退还情况、认罪态度等因素来量刑。
2. 附带民事赔偿：被害人由于被告人的犯罪行为而遭受物质损失的，在刑事诉讼过程中有权提起附带民事诉讼。这意味着，除了刑事处罚外，您可能还需要赔偿被害人因诈骗所遭受的经济损失。
3. 留下犯罪记录：一旦被认定构成犯罪，会留下案底，对个人的工作、生活等诸多方面产生影响。例如，某些特殊职业对有无犯罪记录有要求；在办理出国签证时，也可能因为犯罪记录而受到影响。

五、建议与应对

1. 积极退赃退赔：如果可能的话，尽量退还剩余的诈骗所得，以显示您的悔罪态度，这有助于在量刑时获得从轻处罚。
2. 取得被害人谅解：尝试与被害人沟通，取得其谅解。被害人出具的谅解书在量刑时也是一个重要的考量因素。
3. 配合司法程序：在司法程序中，如实供述自己的罪行，配合司法机关的调查和审判工作。

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