在起诉已经进入破产程序的公司时，确定被告的排列顺序是一个需要细致考虑的问题。以下是根据相关法律法规和司法实践，为您提供的详细解答：

一、基本原则

首先，要明确的是，破产公司本身应当作为被告。这是因为，尽管公司已经进入破产程序，但它仍然是一个法律主体，需要对其债务等相关事宜承担责任。

二、破产管理人的角色

其次，破产管理人也可能需要被列入被告之列。破产管理人是在公司破产程序中被指定负责管理破产财产、处理债务等事务的人或机构。如果起诉的内容涉及到破产程序中的管理事务，或者破产管理人的行为与案件有直接关联，那么破产管理人也可能成为被告。

三、其他相关方的考虑

除了破产公司和破产管理人外，其他与案件息息相关的各方也可能被纳入被告的行列。这包括但不限于涉及该案的股东、高级管理层等。然而，是否将这些方列为被告，需要根据案件的具体事实和证据，以及他们与案件的直接法律关联性来判断。

四、具体判断要素

在确定被告的排列顺序时，您可以考虑以下几个关键要素：

1. 直接法律关联性：明确与案件具有直接法律关联性的各方面。
2. 责任承担：考虑到谁有可能为案件的最终结果承担相应的责任。
3. 案件事实和证据：根据案件的具体事实和证据来确定当事人的名单。

五、遵守法律法规和司法实践

在整个过程中，必须严格遵守相关的法律法规和司法实践。这包括但不限于破产法、民事诉讼法等相关法律的规定。确保诉讼过程的合法性和公正性是非常重要的。

六、实际操作建议

1. 咨询专业律师：由于破产案件的复杂性，建议您在起诉前咨询专业律师，以获取更具体的法律建议。
2. 收集证据：确保您有足够的证据来支持您的起诉，包括与破产公司的交易记录、合同、往来函件等。
3. 关注破产程序进展：了解破产程序的进展情况，以便在适当的时候提出起诉或参与破产分配。

综上所述，起诉已经进入破产程序的公司时，被告的排列顺序应首先考虑破产公司本身，然后根据案件的具体情况考虑是否将破产管理人或其他相关方列为被告。在整个过程中，请务必遵守相关的法律法规和司法实践。