关于部队签合同使用电子章是否合法的问题，我们可以从电子印章的合法性、可靠性以及其在合同签署中的应用来进行分析。

首先，电子印章是电子签名的一种表现形式，它利用数字技术模拟传统实物印章，并通过密码技术保证其安全性和真实性。根据《中华人民共和国电子签名法》的相关规定，可靠的电子签名与手写签名或者盖章具有同等的法律效力。这意味着，只要电子印章满足法律规定的可靠条件，它就可以在合同签署中替代传统实物印章。

具体来说，可靠的电子签名需要同时符合以下条件：

1. 电子签名制作数据用于电子签名时，属于电子签名人专有；
2. 签署时电子签名制作数据仅由电子签名人控制；
3. 签署后对电子签名的任何改动能够被发现；
4. 签署后对数据电文内容和形式的任何改动能够被发现。

如果部队在签合同时使用的电子章满足上述条件，那么它就是合法的，并且与手写签名或盖章具有同等的法律效力。

此外，从实际应用的角度来看，电子印章已经广泛应用于商业合同、劳动合同、线上办公等多个领域。它不仅能够提高合同签署的效率，降低签署成本，还能够确保合同的安全性和完整性。在部队签合同的过程中，使用电子章同样可以实现这些优势。

然而，需要注意的是，虽然电子印章在法律上具有与手写签名或盖章同等的效力，但在具体应用中还需要遵守相关的法律法规和操作规程。例如，部队在使用电子章签合同时，需要确保电子印章的合法性和可靠性，并严格按照规定的程序进行签署和验证。

综上所述，部队签合同使用电子章在法律上是合法的，但前提是电子章必须满足法律规定的可靠条件，并且在使用过程中需要严格遵守相关的法律法规和操作规程。