关于诉讼时效的基本规定
首先，需要明确的是，诉讼时效是指权利人在一定期间内不行使权利，即在某种程度上丧失请求利益的时效制度。根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，一般民事权利的诉讼时效期间为三年，自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。
违法行为人与对方协商对诉讼时效的影响
针对您提出的“违法行为人与对方协商中时，诉讼时效后会延长吗”这一问题，需要明确的是，单纯的协商行为本身并不会直接导致诉讼时效的延长。诉讼时效的延长通常需要满足法律规定的特定条件，如权利人向义务人提出履行请求、义务人同意履行义务、权利人提起诉讼或者申请仲裁等，这些行为可以构成诉讼时效的中断，从中断、有关程序终结时起，诉讼时效期间重新计算。但协商行为本身，如果不包含上述中断诉讼时效的要素，一般不会导致诉讼时效的延长或中断。
特殊情况下的诉讼时效延长
然而，也存在一些特殊情况，可能导致诉讼时效的延长。例如，如果违法行为人在协商过程中明确表示愿意履行义务，或者双方达成了履行义务的协议，这可能构成诉讼时效的中断。另外，如果权利人在诉讼时效期间内因不可抗力或者其他障碍不能行使请求权的，诉讼时效可以中止，从中止时效的原因消除之日起，诉讼时效期间继续计算。但这些情况都需要具体分析，不能一概而论。
法律建议
针对您的情况，如果违法行为人与对方正在协商中，且您希望保护自己的权利，建议您在协商过程中注意保留相关证据，如协商记录、往来函件等，以备不时之需。同时，如果协商无果，且您认为自己的权利受到了侵害，应及时在诉讼时效期间内提起诉讼或申请仲裁，以维护自己的合法权益。
综上所述，单纯的协商行为本身并不会直接导致诉讼时效的延长。诉讼时效的延长或中断需要满足法律规定的特定条件。如果您有进一步的法律问题或需要更具体的法律建议，可以直接向我咨询。