农村土地承包合同补充协议的程序，核心在于确保协议的合法性、有效性和双方权益的保障。以下是补充协议程序的一般步骤及核心要点：

1. 协商与拟定：

   • 双方当事人（即发包方和承包方）应就补充协议的内容进行充分协商，确保双方对协议条款有清晰、一致的理解。
   • 拟定补充协议草案，明确协议的目的、内容、双方的权利义务、违约责任等关键条款。

2. 审查与修改：

   • 双方应对补充协议草案进行仔细审查，确保协议内容符合法律法规的规定，不损害国家、集体和第三人的利益。
   • 根据审查结果，对协议草案进行必要的修改和完善，确保协议的合法性和有效性。

3. 签署与盖章：

   • 双方当事人在补充协议上签字或盖章，以表示对协议内容的认可和接受。
   • 签署时，应确保双方当事人的签字或盖章真实、有效，避免出现代签、冒签等违法行为。

4. 备案与公示（如适用）：

   • 根据当地法律法规的要求，可能需要对补充协议进行备案或公示。
   • 备案或公示的目的是为了确保协议的公开性和透明度，便于相关部门和公众进行监督。

5. 执行与监督：

   • 双方当事人应严格按照补充协议的约定履行各自的义务，确保协议的有效执行。
   • 在执行过程中，如出现争议或问题，双方应及时沟通协商，寻求解决方案。必要时，可寻求法律途径解决争议。

在签订农村土地承包合同补充协议时，务必确保程序的合法性和规范性，以保障双方的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。