男女双方不能办结婚证的情况下，确实可以写协议。以下是对这一问题的详细解答：

1. 协议的法律效力：

   • 男女双方在不能办理结婚证的情况下，可以签订协议来明确双方的权利和义务。这种协议在法律上通常被视为一种民事合同，只要其内容不违反法律、行政法规的强制性规定，且双方意思表示真实，就具有法律效力。
   • 协议可以涵盖双方在共同生活期间的财产分配、债务承担、子女抚养（如果涉及）等事项，为双方提供一定的法律保障。

2. 协议的内容与形式：

   • 协议的内容应当明确、具体，避免模糊不清或产生歧义。双方可以就共同生活的各项事宜进行详细约定，如居住安排、经济支出、家务分工等。
   • 协议的形式可以是书面的，也可以是口头的，但为了确保协议的证据力和可执行性，建议采用书面形式，并由双方签字或盖章确认。

3. 协议的局限性：

   • 需要注意的是，虽然协议在法律上具有一定的效力，但它并不能完全替代婚姻关系所带来的法律保障。例如，在财产继承、子女抚养权等方面，非婚同居的双方可能无法享受与已婚夫妻相同的法律权益。
   • 此外，如果协议内容涉及违反法律、行政法规的强制性规定，或者存在欺诈、胁迫等情形，该协议可能被视为无效或可撤销。

4. 建议与注意事项：

   • 在签订协议前，双方应当充分了解协议的内容和法律后果，确保自己的权益得到充分保障。
   • 如果可能的话，建议咨询专业律师的意见，以确保协议的合法性和有效性。
   • 在共同生活期间，双方应当遵守协议的约定，尊重对方的权益和感受，共同维护和谐稳定的关系。

综上所述，男女双方在不能办理结婚证的情况下，可以签订协议来明确双方的权利和义务。但需要注意的是，协议并不能完全替代婚姻关系所带来的法律保障，双方在签订协议前应当充分了解其内容和法律后果。如果您有任何关于协议或法律方面的问题，欢迎直接向我咨询。