针对您提出的“民事案件诉请违约发现无效怎么处理”这一问题，以下是一个清晰、详细且有深度的解答：

在民事案件中，当您诉请对方承担违约责任，但发现合同中的违约条款被认定为无效时，处理方式需根据具体情况来定。

首先，要找出违约条款无效的根本原因。这可能是因为条款违反了法律法规的强制性规定，或者条款内容显失公平，导致一方在合同中处于明显不利的地位。明确无效原因后，有助于后续处理方案的制定。

接下来，各方可以尝试友好协商，重新构建一份更为合理的违约条款以替代原有的无效条款。这种方式既能够保持合同的完整性，又能够确保双方的权益得到合理保障。如果协商成功，双方可以签订补充协议，明确新的违约责任和赔偿方式。

然而，如果协商无果，那么您可以根据相关法律法规以及交易习惯，同时参照已产生的实际损失状况，向人民法院或者仲裁机构提起诉讼或仲裁申请。在诉讼或仲裁过程中，您需要提供充分的证据来证明自己的损失以及对方的违约行为。法官或仲裁员将本着公正、合理的原则，对合同的履约状况、各当事人的过错程度、以及本次交易预期能够带来的利益等诸多因素进行全面分析与评估，然后据此依法判决违约责任。

此外，即使违约条款无效，也并不意味着违约方无需承担任何后果。根据《民法典》等相关法律规定，当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定，造成对方损失的，损失赔偿额应当相当于因违约所造成的损失，包括合同履行后可以获得的利益。因此，您仍然有权要求违约方承担相应的赔偿责任。

最后，在处理此类问题时，及时采取合法且有效的措施以保护自身权益是至关重要的。建议您在发现违约条款无效后，尽快咨询专业律师，了解自己的权利和义务，以及可行的处理方案。

综上所述，当民事案件中的违约条款被认定为无效时，您可以通过友好协商、诉讼或仲裁等方式来维护自己的合法权益。同时，也要注意及时采取合法措施，确保自己的权益得到充分保障。