自然人独资企业并不一定都是小规模纳税人，其纳税身份主要取决于企业的年应征增值税销售额、会计核算水平以及税务登记类型等多个因素。以下是对这一问题的详细分析：

1. 小规模纳税人与一般纳税人的定义及区别：

   • 小规模纳税人：通常指年应征增值税销售额不超过规定标准（如500万元，具体以最新税收政策为准）的企业，且会计核算不健全，不能按规定报送有关税务资料。这类企业通常适用简易计税方法，按照较低的征收率计算应纳税额。
   • 一般纳税人：指年应征增值税销售额超过小规模纳税人标准，且会计核算健全，能够准确提供税务资料的企业。这类企业适用一般计税方法，按照较高的税率计算应纳税额，但可以抵扣进项税额。

2. 自然人独资企业的纳税身份确定：

   • 基于销售额的判断：如果自然人独资企业的年应征增值税销售额未超过小规模纳税人标准，且没有其他应登记为一般纳税人的情形，那么它可以选择作为小规模纳税人进行纳税申报。然而，如果销售额超过标准，或者虽然未超过但符合其他应登记为一般纳税人的条件（如会计核算健全等），则必须登记为一般纳税人。
   • 基于公司实际情况的选择：即使销售额未超过标准，如果自然人独资企业希望享受一般纳税人的税收优惠政策或需要开具增值税专用发票等，也可以主动申请登记为一般纳税人。反之，即使销售额超过标准，但如果公司符合小规模纳税人的条件且希望简化税务处理流程，也可以在一定期限内选择按照小规模纳税人纳税（但需注意政策限制和期限要求）。

3. 法律建议：

   • 对于自然人独资企业来说，确定其纳税身份时，应充分考虑自身的年应征增值税销售额、会计核算水平以及税务需求等因素。
   • 如果企业希望享受一般纳税人的税收优惠政策或需要开具增值税专用发票等，应主动向税务机关申请登记为一般纳税人。
   • 如果企业规模较小，会计核算不健全，且希望简化税务处理流程，可以选择作为小规模纳税人进行纳税申报。但需注意，随着企业规模的扩大和会计核算的完善，可能需要及时调整纳税身份。

综上所述，自然人独资企业的纳税身份并非固定不变，而是根据其年应征增值税销售额、会计核算水平以及税务登记类型等多个因素动态确定的。企业在选择纳税身份时，应充分考虑自身经营情况和税务成本，以确保合规经营并优化税务负担。如有任何法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。