针对您提出的“政府出资代建的公配在土增清算时如何处理”这一问题，我将从土地增值税清算的角度，为您详细阐述公共配套设施（公配）的处理原则及方法。

首先，我们需要明确的是，公共配套设施在土地增值税清算中的处理，主要取决于其建成后的产权归属及使用方式。对于政府出资代建的公配，其处理原则通常遵循以下几点：

1. 产权属于全体业主所有：

   • 如果公配建成后产权明确属于全体业主所有，例如通过法律法规规定、房管部门登记或证明、业主委员会书面说明、人民法院裁决或商品房销售合同等契约注明，那么其成本、费用在土地增值税清算时是可以扣除的。

2. 无偿移交给政府、公用事业单位用于非营利性社会公共事业：

   • 对于政府出资代建的公配，如果建成后无偿移交给政府或公用事业单位用于非营利性社会公共事业，并且有纳税人与政府、公用事业部门签订的移交文书，或属于政府、公用事业单位原因不能及时接收但接收单位或政府部门出具了相关证明并经清算小组合议通过的，那么其成本、费用同样可以在土地增值税清算时扣除。

3. 有偿转让：

   • 如果公配建成后有偿转让，应计算收入，并准予扣除成本、费用。但这种情况通常不适用于政府出资代建的公配，因为政府出资代建的公配往往是为了满足公共需求，而非为了盈利。

4. 出租或自用或者交于关联方使用：

   • 如果公配建成后出租或自用，或者交于关联方使用，那么其成本、费用在土地增值税清算时是不予扣除的。这是因为这种情况下，公配并未用于满足公共需求，而是被用于了盈利或关联交易。

针对您提到的具体情况——政府出资代建的公配，在土地增值税清算时，如果其产权明确属于全体业主所有，或者无偿移交给政府、公用事业单位用于非营利性社会公共事业，那么其成本、费用是可以扣除的。反之，如果公配被用于出租、自用或关联方使用，则不予扣除。

此外，还需要注意的是，土地增值税清算时对于公共配套设施费的审核非常严格，需要关注公共配套设施的界定是否准确、费用是否真实发生、有无预提情况，以及是否将房地产开发费用记入公共配套设施费等。同时，多个（或分期）项目共同发生的公共配套设施费，也需要按项目合理分摊。

综上所述，政府出资代建的公配在土增清算时的处理，主要取决于其建成后的产权归属及使用方式。建议您在处理此类问题时，充分研究相关政策法规，确保合规操作，避免不必要的税务风险。